На основе полученного опыта и наставления по боевой деятельности речных флотилий главный конструктор Ю.Ю. Бенуа внес в проект 1124 некоторые изменения; в частности, переделав артпогреба, увеличил боезапас. Изменения утвердил 5 марта 1942 года заместитель наркома ВМФ по кораблестроению и вооружению адмирал Л.М. Галлер.
На БКА устанавливали модифицированные бензиновые двигатели типа ГАМ-34-БС (наибольшая мощность 850 л. с., при 1850 об/мин), но из-за возросшего водоизмещения скорость полного хода снизилась на 0,5 уз. Большинство кораблей оснащали импортными четырехтактными двигателями, поставлявшимися по лендлизу: «Холл-Скотт» мощностью 900 л. с. и «Паккард» — 1200 л. с. Более надежные, чем ГАМ-34, они в то же время требовали высокооктанового бензина марки Б-87 и Б-100, высокосортного масла и высокой квалификации обслуживающего персонала (слишком часто прогорали клапаны).
Бронекатера с моторами ГАМ-34 обозначались 1124/1, а с моторами «Холл-Скотт» и «Паккард» — соответственно 1124/11 и 1124/111. Все они имели, как правило, шаровую окраску, а при операциях на мелководных реках камуфлировались береговой растительностью.
Корпус усилили, оставив иллюминаторы только в кубрике и радиокаюте. Топливные баки прикрыли усиленной до 14 мм защитой (два броневых листа, склепанных между собой).
Для повышения живучести радиосвязи применяли штыревые и поручневые антенны, располагавшиеся по периметру ходовой рубки. Установили телефонную связь. Командир теперь мог связаться с расчетами в башнях, с машинным отделением и кормовым (румпельным) отсеком.
Первоначально предполагалось вести наблюдение из боевой рубки сквозь щели в броневых листах. В боевых условиях это оказалось крайне неудобным, приходилось приподнимать щитки, выглядывать в приоткрытые броневые двери, что увеличивало потери в экипаже. Поэтому на крыше рубки монтировали танковый поворотный перископ. Использовались также танковые смотровые блоки.
На замерзающих реках и озерах требовалось удлинить сроки навигации, но легкий корпус БКА не обеспечивал безопасного плавания даже в битом льду. Окраска сдиралась, что вызывало коррозию. Часто повреждались тонкие лопасти гребных винтов. Шуга и мелкий лед забивали систему охлаждения, вызывая перегрев двигателей катеров.
Конструктор Ю.Ю. Бенуа предложил одеть БКА в деревянную «шубу». Доски толщиной 40–50 мм защищали днище и борта катера (на 100–150 мм выше ватерлинии). «Шуба» почти не меняла осадку катера за счет плавучести дерева, но понижала скорость хода.
