Несмотря на то, что турецкий флот сильно пострадал и ушёл в Константинополь, Потёмкин опасался появления его снова у Дуная, где Лиманская гребная флотилия участвовала в операциях вместе с сухопутной армией.
Для охраны подступов к Дунайскому гирлу Потёмкин приказал Ушакову вывести флот к устью Дуная.
16 октября Ф. Ф. Ушаков с четырнадцатью кораблями, четырьмя фрегатами и двадцатью мелкими судами направился к Аккерману, «поспешая в соединение с лиманскою флотилиею». Пять фрегатов и другие суда остались охранять Севастополь. Флот шёл тремя колоннами в тесном строю. 19 октября он подошёл к Гаджибею. Здесь Ушаков узнал, что Лиманскан флотилия под командой генерал-майора де Рибаса 18-го числа пошла к Аккерману. Флот направился туда же. На следующий день Ушаков получил сообщение, что флотилия ушла к Дунаю, куда направился на всех парусах и флот. Здесь Ушаков поставил корабли между сулинским и индийским рукавами и охранял флотилию, вступившую в борьбу с береговыми батареями, прикрывавшими вход в рукава Дуная, и турецкими речными судами.
Крейсерские суда Ушакова непрерывно вели разведку. Пребывание флота поздней осенью в открытом море становилось небезопасным.
31 октября Потёмкин приказал Ушакову пройти вдоль румелийского берега и посмотреть, нет ли где турецкого флота, после чего отправиться в Севастополь и заняться приготовлением судов к будущей кампании. Ушаков осмотрел побережье до мыса Калиакрии, нигде не обнаружив противника, и вернулся в Севастополь 14 ноября. В то время как Ушаков с флотом охранял подходы к Дунайскому гирлу, Лиманская флотилия помогала армии штурмовать крепости, расположенные в многочисленных рукавах Дуная. При активном участии флотилии были взяты крепости Тульча и Исакча с главными складами турецкой армии.
18 ноября флотилия подошла к первоклассной, сильно укреплённой крепости Измаилу и приняла активное участие в осаде и навеки прославленном суворовском штурме Измаила (11 декабря 1790 г.).
Следует отметить, что гребные суда флотилии оказались превосходно построенными и хорошо выдержали непогоду и все бои. Начальник гребной флотилии генерал-майор де Рибас в донесении Адмиралтейскому правлению писал: «Все суда гребной флотилии благополучно, в стройном порядке и без малейшего повреждения, вошли в Дунай. Бури, которые они перетерпели, проходя море, ясно доказывают крепость их состава, а сне свидетельствует полное искусство строителей оных, в чём имею долг отдать истинную справедливость»
