«Негласный комитет» реформировал сенат и министерства, которые были учреждены вместо «коллегий», созданных Петром Великим. Совет определил задачи государственного совета и комитета министров. Граф Павел Александрович Строганов придерживался точки зрения, что этот комитет будет лишним, параллельно действующим вредным административным органом. По его мнению, «министры должны обладать действительной властью и нести ответственность за свои действия. Комитет же министров снимает всякую личную ответственность, большинство его членов выражает волю этого комитета, которая ограничивает неприкосновенную волю монарха». К мнению графа Строганова прислушивались, подобный комитет не был создан в качестве самостоятельного органа, тем не менее через некоторое время этот комитет всё же возник, и Градовский в 1880 году заметил то, что предвещал Павел Александрович Строганов: «Этот комитет освободил отдельных министров от всякой личной ответственности».
Были утверждены полномочия сената, его значение усилилось. Члены «Негласного комитета» поставили свои далеко идущие реформы под твёрдый контроль центральной авторитетной власти, однако их честные старания улучшить положение дел в стране постоянно сдерживались колебаниями Александра, которые были частично связаны с чрезвычайными сообщениями полиции о возможных беспорядках. Граф Павел Александрович Строганов писал:
«Хотя мы все придерживаемся мнения, что крепостное право является подлым, позорным явлением, государь лишь до тех пор будет склонен освободить крестьян, пока кто-нибудь или что-нибудь не изменит или уменьшит его волю».
Вместо освобождения крестьян был введён в действие указ от 3 февраля 1803 года о «вольных хлебопашцах», сословии, которое существовало ещё до Бориса Годунова. В соответствии с компромиссным предложением Румянцева в указ был добавлен дополнительный пункт, который выражал требование о наделении надлежащих лиц подобающим земельным владением. «Негласный комитет» с самого начала намечал полное освобождение крестьян, однако такое освобождение осуществилось лишь в прибалтийских странах.
Половинчатое решение вопроса об общинной собственности «мира» привело к бездействию всех необходимых структур и экономическому застою.
Страх перед потрясением социальной структуры государства удержал Александра I от принятия окончательного решения.
Интерес государя к внутриполитическим вопросам становился всё меньше и меньше, все его мысли были направлены на международные проблемы, Александр стал им уделять всё больше внимания. Соблазн предпринять против Наполеона ответный шаг был велик. Кроме того, таким образом он мог избавиться от тяжёлых по своим последствиям решений, которые ему хотел навязать «Негласный комитет».
