Здоровье мальчика оставляло желать лучшего. Доктор медицинских наук Леонид Иванович Дворецкий, опираясь на имеющиеся данные, пишет в книге «Музыка и медицина. Размышления врача о музыке и музыкантах»: «…известно, что в детском возрасте композитор перенес ревматический полиартрит и малую хорею, проявляющуюся непроизвольными гиперкинезами и в связи с этим описывающуюся ранее как “пляска Святого Витта”». Нарушения в двигательной функции можно заметить даже на знаменитой детской фотографии композитора, где рука юного Густава, лежащая на стуле, словно поддерживает равновесие тела, при этом на фото видно, что ноги ребенка стоят порознь. Для единственной фотографии, стоившей бедной семье немалых денег, художественная задумка фотографа как «композиция у стула» представляется сомнительной. Скорее всего, без какой-либо опоры ребенок просто-напросто не мог стоять прямо. Тем не менее в сравнении с выжившими родными братьями и сестрами старший сын считался относительно здоровым, хотя с возрастом соматические и неврологические заболевания у него только накапливались.
Не самое лучшее образование, которое мог дать Густаву провинциальный город, всё же предоставило ему почти идеальную свободу мысли. Ум юного Малера был молниеносен, пытлив и аналитичен. Пробелы в музыкальной теории компенсировались его догадливостью. Сенсационная фантазийность, склонность к мистике и символике черпали свою духовную пищу в чтении поэтических и романтических произведений. О его ранней склонности к необычному и сверхреальному свидетельствует отроческий товарищ Малера, музыковед Гвидо Адлер, который говорит о его особой жадности, ощущаемой в чтении сказок Э. Т. А. Гофмана.
Недовольный безразличием Густава к учебе, отец решил сменить гимназию и отправил одиннадцатилетнего сына в Прагу. Однако это привело не к положительным сдвигам в учебе, а к напрасным дополнительным тратам денег, которые в семейном бюджете Малеров были нелишними. Родители понимали: преемником отца в управлении таверной Малер-младший не будет. При этом назрел определенный образовательный кризис: Густава перестали удовлетворять частные уроки с Викторином и Брошем ввиду их малой продуктивности и нерегулярности. Кроме того, уроки требовали денег, с которыми к тому времени в семье Малер стало еще хуже: доход от таверны не рос, а семья увеличивалась. В июне 1873 года у Бернхарда и Марии родился сын Отто, а в 1875-м супруга вновь забеременела и родила в октябре дочку Эмму Марию Элеонору. В апреле 1875 года не стало тринадцатилетнего Эрнста.
