Восточный вариант проекта (разные варианты прохождения дамбы по морскому краю дельты Невы) предлагался Ленинградским научно-мелиоративным институтом, затем Ленинградским отделением гидроэнергопроекта (ЛОГИДЭП) и Государственным гидрологическим институтом (ГГИ). Предложение ГГИ предполагало возможность использования прибрежной застройки для защиты города от затоплений. По-видимому, существовала конкуренция между этими ведомствами. Кроме того, имелся промежуточный вариант, по которому дамба должна была размещаться между створами восточного и западного вариантов.
В последующем головной организацией по разработке проекта защиты г. Ленинграда от наводнений был определен Институт Ленгидропроект, который в 1967–1977 гг. представил ТЭО, а в 1972–1977 гг. разработал технический проект. В разработке технического проекта участвовали специалисты и ученые 52 проектно-конструкторских, научно-исследовательских и других организаций.
В 1966 г. Совет министров СССР одобрил Генеральный план развития г. Ленинграда, признал необходимым разработать ТЭО защиты г. Ленинграда от морских нагонных наводнений. В ТЭО с учетом перспективных условий развития Ленинграда были рассмотрены различные варианты защиты, с наибольшей детальностью были разработаны западный и восточный варианты.
В августе 1979 г. вышло Постановление ЦК КПСС и Совета министров СССР «О строительстве сооружений защиты г. Ленинграда от наводнений». В качестве основного варианта был выбран западный. По утверждению проектировщиков, западный вариант имел неоспоримые преимущества перед восточным по всем показателям, из которых главными являются высокая надежность, экономичность и более благоприятные условия строительства. По утверждению оппонентов дамбы, решающую роль сыграли благоприятные условия строительства, т. е. отсутствие необходимости «вписывать» дамбу в существующую городскую застройку. Технический проект по западному варианту был согласован и рассмотрен во всех инстанциях, получил положительную оценку Государственной экспертизы Госстроя СССР и в декабре 1978 г. был утвержден Советом министров СССР.
Сооружение КЗС началось в 1979 г. В перестройку (после 1985 г.), уже после начала строительства дамбы, проект строительства КЗС вызвал массовые нарекания общественности в Ленинграде-Санкт-Петербурге и массовое общественное движение протеста. Общественность опасалась, что сооружение дамбы приведет к ухудшению качества воды в акватории. Многие депутаты первого демократически избранного Санкт-Петербургского городского совета народных депутатов шли на выборы под лозунгами борьбы с дамбой.
