Группа экспертов выразила «Особое мнение», в котором отмечает: «…считаем целесообразным использование Краснодарского водохранилища только для ликвидации угрозы затопления освоенной и населенной территории площадью 600 тыс. га».
В рамках отдельных проектов была реализована часть «Схемы…», прежде всего был снижен уровень НПУ водохранилища (на 0,9 м) и проведены ремонтные работы на гидротехнических сооружениях. С начала 1990-х гг. в экономике, природопользовании и в землепользовании Краснодарского края и Республики Адыгея поменялось очень многое, в том числе резко снизилось судоходство по р. Кубань и уменьшилась доля посевов риса. Поэтому часть предусмотренных схемой задач решилась автоматически. С другой стороны, децентрализация привела к тому, что нет единой системы управления гидротехническими системами бассейна р. Кубань, результатом этого были катастрофические паводки последних лет.
Реализованные к настоящему времени элементы «Схемы…» и «Правил…» существенно повысили надежность Краснодарского водохранилища, а снижение НПУ на 0,9 м увеличило его способность к задержанию паводков, уменьшились темпы абразионной переработки берега. Водохранилище не стало вследствие этого хуже или опаснее, так как его основные параметры и проблемы были заданы и возникли раньше, в начале 1970-х гг.
Остались нереализованными многие элементы «Схемы…», в частности, касающиеся мероприятий по предотвращению или существенному уменьшению твердого стока со склоновых земель бассейнов рек Лабы, Урупа, Белой и изменению структуры посевных площадей с учетом требований контурно-мелиоративного земледелия, а также касающиеся создания санитарных зон и их благоустройства (вынос объектов-загрязнителей, озеленение и т. п.).
