Конкурс проводился в 2 этапа. На первом этапе продолжительностью 2 месяца было отобрано 13 наиболее содержательных принципиальных решений, отвечающих условиям конкурса и рекомендуемых для дальнейшей подробной разработки на втором этапе, продолжительностью 4 месяца.
В мае 1992 г. вышло постановление Правительства Российской Федерации о проведении конкурса и была сформирована экспертная комиссия конкурса. В июле вышло распоряжение мэра Санкт-Петербурга о проведении конкурса. Информирование населения города было возложено на пресс-центр мэрии Санкт-Петербурга. Объявление о проведении конкурса было разослано руководителям проектных, научно-исследовательских институтов, творческих союзов и вузов Санкт-Петербурга.
После окончания первого тура конкурса были проведены депутатские слушания, на которых были представлены отобранные для участия во втором туре 13 работ. В конце января 1993 г. окончился второй тур и была распространена информация о проведении Общественного обсуждения конкурсных работ, которое прошло 4–5 февраля 1993 г. в форме конференции. Оргкомитет конкурса рассмотрел итоги общественных слушаний и утвердил предварительный протокол общественных слушаний.
В марте 1993 г. экспертная комиссия конкурса приняла решение не присуждать первую премию, так как ни одна из работ не решала полностью задачу, поставленную в условиях конкурса. Вторая премия была присуждена работе «Программа проектных предложений по улучшению санитарно-гигиенических характеристик Невской губы и реконструкции комплекса сооружений защиты Санкт-Петербурга от наводнений», выполненной авторским коллективом института «ЛенморНИИпроект».
В заключении экспертной комиссии было высказано предложение создать единый творческий коллектив из конкурсантов, чьи работы были отмечены в 1-м и 2-м турах конкурса, а также из специалистов, входивших в экспертную комиссию. Оргкомитет конкурса согласился с рекомендацией экспертной комиссии и решил сформировать временный коллектив, который на основе итоговых материалов конкурса выработал бы проект российской федеральной программы по оздоровлению экологического состояния водного бассейна р. Невы, акватории Невской губы – восточной части Финского залива и защите Санкт-Петербурга от наводнений. Проект программы предполагалось направить на государственную экологическую экспертизу, утвердить в мэрии Санкт-Петербурга и Петербургском городском совете и отправить в Правительство РФ.
