Так же быстро продвигался "диалог" с лютеранами и реформаторами. В ноябре 1980 г. во время первого визита папы в ФРГ он посетил совет Евангелической церкви в Германии (лютеране и реформаторы), где, призвав к осознанию взаимной вины в разрыве единства, произнёс знаменательные слова: "Сегодня я иду к вам, к наследию Мартина Лютера, я иду как паломник". А в октябре 1983 г. по случаю 500-летия со дня рождения Мартина Лютера понтифик впервые дал положительную оценку его деятельности и призвал к пересмотру католического взгляда на всю эпоху Реформации, впервые посетив лютеранскую церковь в Риме, где состоялась экуменическая "литургия мира".
В 1995 году лютеранско-католическая комиссия по единству подготовила "Совместную декларацию относительно учения об оправдании", подписанную в 1999 г. в Аугсбурге, положившую конец взаимным доктринальным осуждениям и богословским спорам и заявившую, что взаимные осуждения ХVI века между лютеранами и католиками не применяются. Оценивая это соглашение, профессор теологии при Католическом университете Вашингтона И.Комочак отметил тогда, что это означает, что доктрина Лютера больше "не является достаточно серьёзным источником различий между католиками и лютеранами, дабы оправдать разделение церквей" и что этот документ стал "одним из самых важных экуменических моментов нашего столетия". В итоге сближение между католиками и лютеранами продвинулось так далеко, что стали служить совместные католическо-лютеранские мессы.
При Бенедикте ХVI состоялось первое возвращение нескольких англиканских общин под власть папы римского. В 2009 г. была подготовлена специальная Апостольская конституция "Anglicaorum Coetibus", предусмотревшая создание особой церковной структуры, позволяющей англиканам переходить в католическую веру. В соответствии с ней, англикане могли получить статус "персональных ординариатов", сохраняющий не только их традиционные службу, дисциплину и богословие, но и частичную автономию, при которой общины будут вне юрисдикции местных католических епископов и подчинены собственным епископам. Особую роль в сближении между католиками и англиканами призван был сыграть приезд Бенедикта ХVI в Великобританию, состоявшийся в сентябре 2010 г. Он носил статус государственного визита с пастырскими элементами, поэтому в подготовке его участвовали и католические общины Великобритании, и государственные органы власти. За четыре дня визита папа встретился с представителями многих общин и разных религий, формирующих английское общество, но главным событием, ради которого и была предпринята данная поездка, стало участие папы в церемонии причисления к лику блаженных известного английского теолога и церковного деятеля ХIХ в. Джона Генри Ньюмена, перешедшего из англиканства в католицизм. Практическим результатом визита стало создание в январе 2011 г. персонального ординариата Уолсингемской Девы Марии, объединившего англикан Англии и Уэльса, перешедших под омофор папы римского, но сохранивших свой обряд и свою иерархию. Прецедент был создан, и папа показал, что в рамках католической церкви может пребывать и некатолическое сообщество.
