Последние труды Самойловича были выпущены в этом же городе. Это— второе издание «Начертания для изображения в живописи пресеченной в Москве 1771 года моровой язвы», повторные издания трудов: «Способ самый удобный повсеместного врачевания смертоносной язвы, заразоносящейся чумы ко благу всеобщественному предлагает Данило Самойлович. I часть, 1-е издание, 1798, 2-е издание г. Николаев, 1802 г.», а также «Способ наиудобнейший ко недопущению первоначально возникнуть оказавшейся где-либо промеж народом смертоносной язве заражаемой чуме… Часть II, Николаев, 1803 г.».
Наконец, в том же Николаеве была выпущена его книга (1803 г.) «Способ самый удобный как предъизбегать язвозачумляющихся на судне мореходном людей экипажа судна составляющих не предавая огню и самого судна, часть IV». Это был последний труд ученого, принявшего участие в борьбе с девятью эпидемиями чумы.
Произведения Самойловича издавались и переиздавались за границей на французском и немецком языках. Не понятый и не оцененный на родине, он был настоящим ученым, верившим в науку, истинным патриотом.
С особенным уважением он относился к М. В. Ломоносову. Друзьями его были такие талантливые ученые-врачи, как А. М. Шумлянский и М. М. Тереховский. Учение Тереховского об отсутствии самозарождения микроорганизмов лежало в основе всех противоэпидемических мероприятий, проводимых не только Самойловичем, но и последующими эпидемиологами.
Вот что писал сам Самойлович о своих друзьях: «Тереховский — один из самых заслуженных моих соотечественников, его таланты как преподавателя Госпитального училища таковы, что почти невозможно найти равного ему, а его выдающиеся достоинства как ученого, хорошо известны Страсбургскому университету, который выделил его из числа многих других. Диссертация Шумлянского о строении почек с таблицами его собственного изобретения доставила ему величайшую славу. Профессоры Страсбургского университета знают, сколь несомненно достойны все упомянутые мною лица быть посвященными в члены нашей медицинской республики как и за их усердные занятия и глубокие познания, так и за их научные труды». Эти слова взяты из письма Самойловича в Дижонскую академию. В них он подчеркивает, что он не единственный ученый России, что Россия богата научными силами.
Одно из лучших произведений первого русского ученого-эпидемиолога, написанное по-французски, «Mémoire sur la peste», — впервые переведено на русский язык в 1952 г. Между строк сочинений Самойловича читатель видит подлинное лицо мягкого, независимого и гуманного человека. Он вспоминает товарищей своих, как переживших страшную чуму, так и погибших в борьбе за человеческую жизнь. С любовью дает Самойлович подробные сведения о них и в тексте, и в примечаниях; он пишет о совершенно забытых врачах чумных госпиталей — Вышатицком, Барановиче, Краславском, Митрофанове; вспоминает и «о малых сих», подлекарях и служителях, неизвестных солдатах, павших во имя долга. Самойлович пишет о своих 15 помощниках по работе в Угрешском, Симоновском и Даниловском госпиталях, из которых 12 погибли.
