На этом месте, византийцами еще в 11-м веке (1077 г), был построен первый православный храм в Килии – Святого Иоанна. В 1475 году килийчане отбили попытку захвата турками крепости и города. Турецкий султан Мухаммед ІІ, называвший Килию, – «ключом центральной Европы», в 1476 году развязал войну с Молдавским царством. Килийцы героически выдержали годичную осаду… В память о их подвиге, господарь Стефан Великий велел: «Зидати во граде Килийском храм Божий, и буде сей храм Святого иерарха Чудотворца Николая» … «Изволением Отца, поспешением Сына, Свершением Святого Духа изволил благочестивый, Христолюбивый Василь воевод, Божьей милостью господарь Земли Молдавской, повелел создать церковь средь града Килийского. И се храм Святого Иерарха Чудотворца Николая». Надпись посвятительная, так называемое «писание» было выбито на мраморной плите, с гербом Молдовы. Возведением Храма занимался зодчий Иоан Приван – автор множества подобных храмовых сооружений. Освятили Церковь Святого Николая, 9 мая 1479 года.
Храм вновь стал главным духовным центром православных килийчан, а его колокольня – самое высокое строение тех лет, – служила маяком для кораблей.
На турецких картах ее обозначали, как «Ноэль Килизе» – «Новая церковь»…
Но, уже с 1484 года наступил период 322-х летнего турецкого ига…
Килия стала турецкой райей и все богатство края отныне перешло в собственность султана. Население – некогда свободные крестьяне края (русы и молдаване), практически стало рабами турок – тимариотов(военнопоселенцев). Более сотни налогов, дань, повинности, поборы, грабежи. Наконец – «дань крови»: отбор у местных жителей – мальчиков – в янычарские питомники, а девочек – в гаремы, – это далеко не полный перечень «прелестей» турецкого ига. Логическим завершением турецкого нашествия и господства явилось надругательство над чувствами православных верующих – килийчан, – разрушение церкви Святого Николая.
Но на месте развалин, уже в 1485–1489 гг. был вновь отстроен полуподземный храм Святого Николая, который сохранился до нашего времени. В Османской империи немусульманские храмы разрешали строить не выше 2,5 метров (высота всадника на коне с копьем). Поэтому значительная часть здания нашей церкви располагалась под землей. В 1634 году, господарем Молдовы стал Василе Лупу – сын «Очи Волка» – султанского аги. С ним, пребывал в родстве(был зятем), Богдан Хмельницкий. В начале княжения, Василе – активно помогал Отоманской империи, в подавлении восстаний ногайских татар, под руководством феодала Каган Темира, на юге Бессарабии. Благодаря этому, влияние Молдовы возросло – ей предоставили права торговли через Килийский порт и рыболовные угодья на Дунае. Именно тогда, Килия начала свое материальное и духовное возрождение.
