Новгороду Великому с его Софийским собором. «Софейской» была названа и одна из башен вологодской крепости (с Софийскими воротами). Софийский собор и ряд построенных при царе церквей внутри крепости (Благовещенская, Ризоположенская, Николы Великорецкого, Знаменская и др.) получили от него жалованные грамоты на земельные угодья близ города и на ругу (ежегодное денежное и натуральное содержание). В дальнейшем практически все эти документы были утрачены в трагические дни «Вологодского разорения» 22–25 сентября 1612 г., и лишь некоторые были возобновлены новым правительством Романовых после смуты.
В июле 1567 г. вологодский губной староста Р. П. Розварин передал по царскому распоряжению Кириллову монастырю село Тимово, завещанное служилым человеком И. Л. Злобиным. Передача была произведена по челобитью игумена Кирилла, поскольку крестьяне села не хотели ему подчиняться («не слушали»). К 1567/68 гг. относится сотная Розварина на три села, переданных Спасо-Каменному монастырю по душе умершего князя Пенкова в Заозерской половине Вологодского уезда – Марьино, Вечеслово и Филисово. В марте 1569 г. лично И. А. Бутурлин передал Спасо-Каменному монастырю две деревни к селу Пучке – Бережок и Подозерное – в дворцовой Сямской волости взамен отобранной у обители дер. Колычевой (под городской «подскотиной»). В 1569 г. (или около того) губной староста Н. И. Шелков по наказу опричного боярина И. А. Бутурлина отделял поместья группе «осочников» (дворцовых слуг) в Комельской волости.
На «государев дворовой обиход» зимой 1569 г. высекли 2 версты леса Корнильево-Комельского монастыря в Обнорской волости. В возмещение корпорация получила там же в сентябре 1569 г. 12 оброчных пустошей по указной грамоте И. А. Бутурлина и дьяка Н. Титова. В акте эти пустоши (заброшенные ещё с конца 1530-х годов, когда был опустошительный татарский набег 1538 г. на устюжские, тотемские и вологодские места) определены как оставшиеся «за поместною раздачею». Возможно, с опасением каких-то репрессий был связан книжный вклад архиерейских бояр Д. Я. и М. Я. Беляевых в Корнильев монастырь Евангелия-тетр. В 1568–1571 гг. в Обнорской волости была испомещена группа видных членов опричного двора (Васюк Грязного, С. Ф. и М. Ф. Мишурины, М. А. и Ю. А. Темиревы, Н. В. и Г. В. Хитрые, П. И. Таптыков, В. Желнырский, И. Зезюзин). Всего им было роздано около тысячи четвертей живущей, переложной и пустой земли, сотни копен сена и десятин пашенного леса, десятки лугов. В 1584 г. этим крупным массивом будет уже пожалован Спасо-Нуромский монастырь «новоявленно чудотворца Сергия Нуромского».
