Осенью 1939 года он же сообщил, что в храме «имел продолжительную беседу с Леопольдом Брауном, который в восторженных тонах говорил мне о работе Алисы Бенедиктовны Отт, которой удалось реализовать очень важное мероприятие». Речь шла о подготовленном ею «Обращении» к Папе Римскому группы католиков, как доносил сексот, «по поводу якобы гонения на Католическую и Православную Церкви в СССР». Он же сообщил, что осенью 1939 года заведующая храмом Алиса Отт вместе с группой прихожан «составила Обращение на имя Папы Римского». В нем было освещено «тяжелое положение религии в Советском Союзе, отмечено трагическое положение католиков, для которых в Москве имеется лишь один храм». «Обращение» заканчивалось ходатайством о поддержке христианских церквей в СССР и было направлено через французское посольство епископу Пию Эжену Неве, а тот через католического кардинала передал его в Ватикан.
В начале 1940 года Моссовет потребовал от Алисы Отт, как председателя «двадцатки» церкви Святого Людовика Французского, предоставить к 25 мая 1940 года список верующих, посещающих храм, за исключением французов и лиц, имеющих иностранные паспорта, так как среди советских граждан нужно было избрать исполнительный комитет и ревизионную комиссию с предоставлением подробных анкет. Она обратилась за помощью к французскому послу, и посольство Франции выразило властям свое недовольство, пояснив, что подобная просьба Моссовета к старосте церкви, прихожане которой в большинстве это работники посольства, затрагивает вопросы, входящие в юрисдикцию только МИДа СССР.
Предвидя гитлеровское нашествие на Советский Союз, Леопольд Браун весной 1941 года написал в Ватикан о том, что он «готов, с Божьей помощью, оставаться на своем посту, что бы ни случилось». Папа Римский одобрил его намерение и послал особое благословение для его прихожан. С началом войны и разрывом дипломатических отношений с правительством Виши положение католиков стало отчаянным. Если к Православной Церкви с началом Великой Отечественной войны стали относиться как к защитнице Отечества, то Католической Церкви в еще большей степени отвели роль внутреннего врага. Органы НКВД арестовывали всех вызывающих сомнение католиков, и малейшее подозрение в «шпионаже» кончалось отправкой на долгий срок в лагерь.
21 июля 1941 года Мишель Флоран, настоятель церкви Лурдской Божией Матери в Ленинграде, сообщал епископу Пию Эжену Неве: «В течение нескольких месяцев здесь производятся многочисленные аресты и высылки. Ведется наблюдение за церковью, моим домом, моими перемещениями. Те, кто приходит ко мне, немедленно становятся подозреваемыми, кто очень часто входит в ризницу, также подозревается. Я знаю, что в каждую минуту меня подслушивают»
