Однако среди москвичей росло недовольство нашествием поляков. Этим обстоятельством решили воспользоваться мятежные бояре во главе с князем Василием Шуйским. Какие-то вести о заговоре дошли до Лжедмитрия, но он лишь отмахнулся.
Ранним утром 17 мая 1606 года москвичи проснулись от звона колоколов. Им объявили, что поляки хотят убить царя Дмитрия, и они бросились громить дома, где жили родственники Марины. Заговорщики ворвались в Кремль, смяли сопротивление царской стражи и стали искать Лжедмитрия. Спасаясь, он выпрыгнул из окна и сломал ногу. Стрельцы хотели было защищать царя, но заговорщики пригрозили им разорением стрелецкой слободы, и те в испуге отступились. Тело убитого Лжедмитрия было выставлено на Красной площади; Шуйские объявили о его самозванстве, несколькими днями позже князь Василий был избран царем.
Марина спаслась чудом. Она вбежала в свои покои, к придворным дамам и, будучи небольшого роста, спряталась под юбкой охмистрины. К счастью, прибежали бояре и разогнали неистовую толпу.
Марина оставалась во дворце до среды будущей недели; к ней приставили стражу. В среду пришли к ней московские люди от бояр и сказали: «Муж твой, Гришка Отрепьев, вор, изменник и прелестник, обманул нас всех, назвавшись Димитрием, а ты знала его в Польше и вышла за него замуж, тебе ведомо было, что он вор, а не прямой царевич. За это отдай все и вороти, что вор тебе в Польшу пересылал и в Москве давал». Марина указала им на свои драгоценности и сказала: «Вот мои ожерелья, камни, жемчуг, цепи, браслеты… все возьмите, оставьте мне только ночное платье, в чем бы я могла уйти к отцу».
У Мнишка забрали десять тысяч рублей деньгами, кареты, лошадей и вино, которое он привез с собою.
Василий Шуйский отправил семью Мнишеков в Ярославль, где они прожили до июля 1608 года. Затем по договору с польским королем Марину с отцом отправили на родину. Но на пути их встретил пан Зборовский, один из руководителей польских отрядов при Лжедмитрии II. Он предложил Марине стать женой второго самозванца, укрепив тем самым его авторитет. В Тушинском лагере она вновь становится русской царицей – 5 сентября 1608 года. Вскоре судьба преподнесла ей новый сюрприз: второй Лжедмитрий был убит. В это время она была на последних месяцах беременности.
Вскоре она родила сына, которого нарекла Иваном, возможно, в честь казацкого атамана Ивана Заруцкого, который отныне стал ее единственным покровителем. Даже с маленьким ребенком на руках Марина продолжала борьбу, надеясь стать московской царицей.
