В 1908 г. Данилов как первый обер-квартирмейстер ГУГШ подал свою – весьма фантастическую – записку о плане войны. Первоначально на ее базе был даже составлен и утвержден план войны, позднее отвергнутый после так называемого «бунта военных округов» (съезд командующих и начальников штабов западных военных округов в феврале 1912 г.). Причины появления на свет догматически-канцелярских планов понять нетрудно. Первая – незначительный опыт Данилова по руководству войсками, вторая – схоластика, господствовавшая в то время в Академии Генштаба. Все обучение в ней велось в основном на базе опыта наполеоновских войн! Не учитывался даже опыт Русско-турецкой войны – комиссия по ее изучению еще не закончила свою работу к 1910 г.! Говорить о Русско-японской войне в этом случае просто не приходится. Правда, военная общественность в лице молодых талантливых офицеров, да и отдельных генералов, выводы сделала и определенные уроки извлекла. Но разве просто было бороться с бюрократической рутиной министерств, штабов и академий!
С уходом великого князя с должности Верховного главнокомандующего в августе 1915 г. новый начальник штаба Ставки генерал М.В. Алексеев потребовал снятия Данилова с должности генерал-квартирмейстера Ставки. Юрий Никифорович был назначен командиром 25-го армейского корпуса, а в августе 1916 г. стал начальником штаба армий Северного фронта. Произошла Февральская революция, пала монархия. В апреле 1917 г. Данилов стал командующим 5-й армией этого фронта, причем сумел снискать доверие комиссара армии и солдатских комитетов, но в то же время выступал против пресловутой «демократизации». Руководить армией в боях ему пришлось только в ходе июльского наступления 1917 г. под Якобштадтом, не имевшего никаких результатов. В сентябре 1917 г., в разгар борьбы с корниловщиной, он был снят с должности и переведен в резерв чинов (данными об участии Данилова в корниловском движении исследователи не располагают).
А дальше… Вскоре после Октябрьской революции Юрий Никифорович вступил в Красную армию. На волне патриотизма, вызванного германо-австрийским наступлением в начале 1918 г., он в феврале вернулся в ГУГШ. Тогда на службу в Красную армию поступила большая группа генералов и множество офицеров старой русской армии. В марте Данилов возглавлял группу военных экспертов при советской делегации на переговорах с Центральными державами в Брест-Литовске. Данилов был противником подписания Брестского мира и подал второму председателю советской делегации (всего их последовательно было трое) С.В. Сокольникову (Бриллианту) записку, обосновывающую, почему этот мир не может быть заключен. По возвращении из Бреста был включен в состав Комиссии военных специалистов по выработке плана преобразования военного центра для реорганизации армии. План, выработанный Комиссией, был отклонен, 25 марта 1918 г. Данилов вышел в отставку и уехал на родину, в Киев.
