Здесь необходимо сделать некоторые пояснения. Генерального штаба, как постоянного органа военного управления, в привычной ныне форме в конце XIX – начале XX в. не было. Управление войсками осуществлял созданный в 1865 г. Главный штаб, в частности управление первого генерал-квартирмейстера (в котором и служил Данилов; на это управление были возложены вопросы разработки стратегических планов, мобилизации и сосредоточения армий и пр.). Генеральный штаб должен был формироваться при главнокомандующем на театре военных действий из офицеров, принадлежавших к корпорации Генерального штаба. Именно так создавался штаб генерала от инфантерии А.Н. Куропаткина (1848–1925) в ходе Русско-японской войны 1904–1905 гг. и сразу же показал свою несостоятельность.
После Русско-японской войны наблюдался кризис высшего военного управления империи. Его пытались преодолеть созданием в июне 1905 г. Совета государственной обороны, объединявшего деятельность Военного и Морского министерств, вновь созданного Генерального, а также Главного, и Главного морского штабов. Председателем Совета стал великий князь Николай Николаевич, и это был его дебют в высшем военном руководстве империи.
Совет государственной обороны разработал развернутую программу военных реформ, очистил армию от бездарных генералов и офицеров, но он не мог превратиться в орган высшего военного руководства и потому уже в 1908 г. был упразднен. По опыту войны был учрежден автономный, не подчиняющийся Военному министерству, Генеральный штаб. Но он в итоге оказался лишь военно-научным органом, не участвующим в управлении войсками. Вскоре из Главного штаба, путем выделения некоторых его частей, было образовано Главное управление Генерального штаба (ГУГШ). В части первого обер-квартирмейстера (всего в ГУГШ их имелось четверо) как раз и сосредотачивались общие вопросы подготовки к войне, мобилизации, дислокации войск, военного строительства и военной разведки. Ю.Н. Данилов служил там до ухода на должность командира полка.
Правда, получилось, что начальник Генштаба оторван от войск, а военный министр отстранен от разработки оперативно-стратегических вопросов. В 1908 г. начальник Генштаба опять был подчинен военному министру. В 1910-е гг. ГУГШ передали в Военное министерство, оно и стало в конечном счете Генштабом и органической частью министерства.
Ю.Н. Данилов занимал свою должность при всех начальниках Генштаба, и именно он являлся главным автором плана стратегического развертывания на Западе. В 1902 г. было санкционировано создание в случае войны фронтов – Северо-Западного против Германии (во главе его поначалу планировалось поставить великого князя Николая Николаевича) и Юго-Западного против Австро-Венгрии.
