В 1785 г. в Казань для управления епархией был переведен в сане архиепископа «талантливый проповедник слова Божья» Амвросий Подобедов. В годы его управления (1785–1799) Казанская духовная семинария была преобразована в академию. Никита Бичурин выдержал изнурительные испытания голодом, холодом и прочими невзгодами, выпадавшими на долю бедных бурсаков. Он все годы учебы – в числе лучших учеников, поражал учителей своими способностями.
В 1800 г. был пострижен в монашество, а в 1802 г. произведен в архимандриты и послан в Иркутск ректором тамошней семинарии.
После пострижения в монашество он под именем «Иакинф» определен в число соборных иеромонахов Александро-Невской лавры, после чего произведен во иеродияконы; в 1801 г. произведен в иеромонахи, затем ему было препоручено управление Казанского и Иоанновского монастыря.
Архимандрит Иакинф Бичурин прибыл в Иркутск 4 августа 1802 г., принял по описи в свое управление «Вознесенский монастырь, церкви, утварь и церковную ризницу, деньги и все монастырские вещи и припаси». В его ведение перешла и духовная семинария, а с 9 августа 1802 г. он стал непременно участвовать в заседаниях Иркутской духовной консистории. Под контролем молодого архимандрита в монастыре стали строить новые хозяйственные помещения, а также готовить черноризцев и бурсаков к миссионерско-просветительской деятельности.
После одного буйного бесчинства бурсаков было вынесено решение об отстранении архимандрита от правления монастырем и снятии с ректорской должности. По приговору палаты уголовного суда Иркутска 9 семинаристов за свой «буйный поступок» были «выключены» из духовного звания, наказаны розгами и по велению царя определены в приказные служители.
В марте 1806 г. опальный Иакинф покинул Иркутск и выехал в г. Тобольск – место ссылки государственных преступников.
Здесь Иакинф стал изучать историко-этнографические и географические сочинения о народах Сибири и восточных стран, с особым усердием штудировал литературу о Китайской империи и ее жителях, интересовался сведениями о китайском посольстве графа Ю.А. Головкина, застрявшего в Иркутске. Зная о благосклонном отношении к себе главы «великого посольства», Бичурин втайне надеялся, что с его помощью сможет занять должность начальника Пекинской духовной миссии и осуществит свою сокровенную мечту – узнает ближе малодоступную тогда Китайскую империю и сопредельные с ней страны.
Надо отметить, что, близко познакомившись с Бичуриным, граф Головкин был покорен его недюжинными лингвистическими способностями, превосходной памятью и деятельной натурой. Это и предрешило дальнейшую судьбу отца Иакинфа – он был назначен начальником духовной миссии. 18 июля 1807 г. миссия выехала из Иркутска и 17 сентября из пограничного русского города Кяхты отправилась в столицу Срединной империи.
