Мотивируя суровое отношение к партизанам в докладе VII съезду советов, Троцкий утверждал: «Исключительно быстрый темп наших неудач на Украине объясняется теми же причинами, что и темп наших успехов: крайней неустойчивостью украинской почвы… И если мы позволим украинскому партизанству застояться в надежде, что из него сложится украинская армия, мы во второй раз погубим Советскую Украину – на этот раз надолго». Это касается не только украинского партизанства, но и партизан Северного Кавказа и Сибири. Но в первую очередь – махновцев, которые после поражения Деникина станут «смертельной опасностью для рабоче-крестьянского государства». Никакого чувства благодарности к махновцам за помощь против Деникина быть не может.
Разработанный на основании махновского опыта приказ 11 декабря был распространен и на Сибирь, где, по словам члена Сибревкома В. Косарева, «дело пахло Украиной», так как среди партизан было много анархистов и эсеров.
В Сибири отношение коммунистов к партизанам диктовалось украинским опытом. «Опыт прошлого свидетельствует, что партизанские отряды, включая в себя очень часто элемент не только чисто идейных бойцов, но зачастую ничего общего с ним не имеющий…оказались в моральном отношении вредными, а в военном – малоустойчивыми», – инструктировал начальник полевого штаба Реввоенсовета республики начальника штаба 5-й армии. Поэтому партизаны (несмотря на «выгодные отличия сибирских партизан от южных») могут служить в Красной Армии только после переформирования – не со своими прежними боевыми товарищами.
В ноябре красные взяли Омск и двинулись вглубь Сибири, взаимодействуя с партизанами. Партизанские отряды перешли в наступление. Рогов взял Кузнецк, где устроил «чистку гадам» – расстреливались офицеры, «буржуи» и чиновники – всего до 400 человек. Разрушались церкви.
В декабре вспыхнули восстания в Томске и Иркутске. Коммунисты, анархисты и эсеры сражались плечом к плечу. Правда, в ожидании прихода РККА некоторые коммунистические командиры стали втихаря расстреливать анархистов, но пока это было скорее исключение.
Тем временем 4 января 1920 г. Каландаришвили подошел к Иркутску. Власть в городе взял эсеро-меньшевистский Политцентр, который арестовал Колчака. Политцентр договорился с большевиками о создании буферного государства в Сибири. Правда, эта договоренность продержалась 4 дня. На город шли каппелевцы, и перед этой угрозой 21 января, опираясь на партизан и красногвардейцев, власть взял большевистско-левоэсеровский ревком. 7 февраля Колчак был расстрелян. Каландаришвили вошел в Иркутск и принял участие в обороне города, затем преследовал каппелевцев на восток. Их остатки отошли на территорию буферной Дальневосточной республики. Красная Армия заняла Сибирь.
