Узнав о намерениях командования, Махно 28 мая 1919 г. заявил, что готов сложить с себя полномочия, так как «никогда не стремился к высоким званиям» и «больше сделает в будущем в низах народа для революции». Но 29 мая 1919 г. штаб махновской дивизии постановил:
«1) настоятельно предложить т. Махно остаться при своих обязанностях и полномочиях, которые т. Махно пытался было сложить с себя; 2) все силы махновцев преобразовать в самостоятельную повстанческую армию, поручив руководство этой армией т. Махно. Армия является в оперативном отношении подчиненной Южному фронту, поскольку оперативные приказы последнего будут исходить из живых потребностей революционного фронта». В ответ на этот шаг РВС Южного фронта 29 мая 1919 г. принял решение об аресте Махно и придании его суду ревтрибунала (Махно не принял титул командарма и продолжал считать себя комдивом.)
Об этом было объявлено, когда сам Южный фронт начал разваливаться под ударами Деникина.
6 июня 1919 г. Махно направил телеграмму В. Ленину, Л. Троцкому, Л. Каменеву и К. Ворошилову, в которой предложил «прислать хорошего военного руководителя, который, ознакомившись при мне на месте с делом, мог бы принять от меня командование дивизией».
9 июня 1919 г. Махно отправил телеграмму В. Ленину, Л. Каменеву, Г. Зиновьеву, Л. Троцкому, К. Ворошилову, в которой подвел итог своим взаимоотношениям с коммунистическим режимом: «Отмеченное мною враждебное, а последнее время наступательное поведение центральной власти к повстанчеству ведет с роковой неизбежностью к созданию особого внутреннего фронта, по обе стороны которого будет трудовая масса, верящая в революцию. Я считаю это величайшим, никогда не прощаемым преступлением перед трудовым народом и считаю обязанным себя сделать все возможное для предотвращения этого преступления… Наиболее верным средством предотвращения надвигающегося со стороны власти преступления считаю уход мой с занимаемого поста».
Тем временем белые вторглись в район Гуляйполя. Некоторое время с небольшим отрядом Махно еще сражался бок о бок с красными частями, но 15 июня 1919 г. в связи с угрозой ареста с небольшим отрядом покинул фронт. Его части продолжали сражаться в рядах РККА. В ночь на 16 июня 1919 г. семь членов махновского штаба были расстреляны по приговору ревтрибунала Донбасса.
Узнав о расстреле членов своего штаба, Махно начал партизанскую войну в тылу красных. Батько старался держаться подальше от фронтовых тылов, чтобы в то же время не очень мешать обороне против Деникина. По воспоминаниям прибывшего в его отряд анархиста В. Волина (он возглавил новый ВРС), батька говорил: «Главный наш враг, товарищи крестьяне, – Деникин. Коммунисты – все-таки революционеры». Но добавлял: «С ними мы сумеем посчитаться потом».
