14–15 мая красные перешли в контрнаступление от Киева, Одессы и Полтавы, громя распыленные силы Григорьева. В ночь на 22 мая на станцию Александрия, где базировался штаб Григорьева и его резервы, ворвался красный бронепоезд имени Руднева и устроил там полный разгром.
Во второй половине мая от григорьевцев были очищены все взятые ими города. Можно согласиться с биографом Н. Григорьева В. Савченко в том, что «Григорьев оказался бездарным фельдфебелем, не умевшим ни спланировать военную операцию, ни предвидеть последствия своих действий и к тому же постоянно находившимся в состоянии антисемитского ража». Главная угроза григорьевского восстания заключалась в том, что к нему присоединялись состоявшие из украинцев красные части. Больше всего большевики в этот момент боялись, что детонирует Махно.
12 мая Махно собрал «военный съезд», то есть совещание командного состава, представителей частей и политического руководства движения, дабы решить вопрос об отношении к григорьевскому выступлению.
По воспоминаниям В. Белаша, Махно говорил: «Большевистское правительство Украины опекает трудящихся. Оно наложило свою руку на все богатство страны и распоряжается им, как собственностью государства. Партийная бюрократия, этот вновь вернувшийся на нашу шею дворянский привилегированный класс, – тиранит народ. Они издеваются над крестьянами, узурпируют права рабочих, свободно не дают дышать повстанчеству. Издевательство над нами и григорьевцами большевистского командования, тирания Чека против анархических и эсеровских организаций – все говорит за возврат к прошлой деспотии».
Махно и съезд осудили выступление Григорьева, но также высказали критику в отношении большевиков, которые своей политикой спровоцировали восстание. «Военный съезд» провозгласил переформирование 3-й бригады в 1-ю повстанческую дивизию под командованием Махно, что было нужно для улучшения снабжения и управления разросшейся бригадой.
Советское командование сначала согласилось на переформирование, а затем отказалось создавать дивизию под командованием оппозиционно настроенного командира. 22 мая 1919 г. прибывший на Украину Троцкий назвал такие планы «подготовкой новой григорьевщины». 25 мая 1919 г. на заседании Совета рабоче-крестьянской обороны Украины под председательством Х. Раковского обсуждался вопрос «Махновщина и ее ликвидация». Было решено «ликвидировать Махно» силами полка, что говорило о неадекватной оценке боеспособности махновцев.
