В середине декабря начались боевые действия между махновцами и сторонниками УНР. Махно заключил соглашение о совместных действиях с екатеринославскими большевиками и был назначен губревкомом главнокомандующим Советской Революционной Рабоче-крестьянской армией Екатеринославского района. 27–31 декабря 1918 г. Махно в союзе с отрядом большевиков отбил у петлюровцев Екатеринослав. Но петлюровцы нанесли контрудар и отбили город, Махно и коммунисты обвиняли в поражении друг друга. Потеряв половину отряда, Махно вернулся на левобережье Днепра.
Махно считал себя военным командующим, а не руководителем населения занятой территории. Принципы организации политической власти определяли съезды фронтовиков и Советов. I съезд прошел 23 января 1919 г. без участия Махно и начал подготовку к более представительному II съезду.
В январе 1919 г. части Добровольческой армии развернули наступление на Гуляйполе. Махновцы страдали от нехватки боеприпасов и оружия, что заставило их вступить в союз с большевиками 26 января 1919 г. 19 февраля махновские отряды вошли в 1-ю Заднепровскую дивизию РККА под командованием П. Е. Дыбенко в качестве 3-й бригады под командованием Махно.
Получив от красных боеприпасы, 4 февраля Махно перешел в наступление и взял Бахмут, Волноваху, Бердянск и Мариуполь, разгромив группировку белых. Крестьяне, подчиняясь «добровольной мобилизации», посылали в махновские полки своих сыновей. Деревни шефствовали над своими полками, бойцы выбирали командиров, командиры обсуждали с бойцами предстоящие операции, каждый солдат хорошо знал свою задачу. Эта «военная демократия» придала махновцам уникальную боеспособность. Рост армии Махно ограничивался только возможностью вооружить новобранцев. На 15–20 тыс. вооруженных бойцов приходилось свыше 30 тыс. невооруженного резерва.
8 февраля 1919 г. в своем воззвании Махно выдвигал такую задачу: «Строительство истинного Советского строя, при котором Советы, избранные трудящимися, являлись бы слугами народа, выполнителями тех законов, тех порядков, которые напишут сами трудящиеся на всеукраинском трудовом съезде…»
«Наша трудовая община будет иметь всю полноту власти у самой себя и свою волю, свои хозяйственные и иные планы и соображения, будет проводить через свои органы, которые она сама создает, но которые не наделяет никакой властью, а только лишь определенными поручениями», – писали Махно и Аршинов в мае 1919 г.
Впоследствии Махно называл свои взгляды анархо-коммунизмом «бакунинско-кропоткинского толка».
