На окраине Кургана был участок земли, на котором располагались дом и хозяйственные постройки, принадлежавшие А. П. Ванюкову. Часть участка тесть уступил С. А. Балакшину, который разместил здесь несколько построек, перевезенных из Логовушки.
Приступая к организации турбиностроительного завода, С. А. Балакшин столкнулся с рядом серьезных трудностей. Прежде всего у него не было оборотных средств, которые требовались для закупки материалов (каменный уголь, кокс, чугун и пр.), выплаты заработной платы рабочим, оплаты отправки грузов и т. д. Это заставило его обратиться в банк для получения денег в кредит. И в дальнейшем, в течение всего периода развития завода (1904—1919) С. А. Балакшин был вынужден прибегать к банковскому кредиту, оплачивая при этом большие проценты. Примечательно, что свой рабочий день С. А. Балакшин обычно начинал в 6 час. утра с проверки необходимых погашений векселей; он не желал (даже случайно) пропустить срок погашения и попасть в долговую яму.
В те времена в Кургане не было инженеров и техников, которые могли бы работать на заводе в качестве конструкторов. Надо заметить, что в городе вообще было мало грамотных людей. Не удивительно, что С. А. Балакшин сам конструировал все изделия завода, начиная с гидротурбин и кончая инструментом (пробки, калибры и др.). Это была интересная работа, но она требовала много времени и энергии. Наряду с конструированием основной продукции (гидротурбин) ему приходилось разрабатывать специальные станки и приспособления. Так, для обработки крупногабаритных изделий (шкивы, сифоны, детали гидротурбин и т. д.) С. А. Балакшин создал лобовые станки, которые в России не выпускались, а за границей стоили очень дорого.
Рабочих на завод С. А. Балакшин набирал из мастеровых (кузнецы, слесари по ремонту хозяйственного инвентаря), городской молодежи и пригородных крестьян. Обучив их различным профессиям, он подготовил высококвалифицированные кадры рабочих: многие из его учеников в дальнейшем стали мастерами „золотые руки“. В ходе организации завода С. А. Балакшин затратил много труда на отработку технологии изготовления изделий, которая обеспечила выпуск высококачественной продукции по ценам ниже, чем у его конкурентов — иностранных фирм. При этом он был убежден, что выпуск дешевой, высококачественной и надежной продукции создаст авторитет заводу и обеспечит ее сбыт.
Приступая к разработке гидротурбины С. А. Балакшин столкнулся с затруднениями, вызванными отсутствием аналогов не только таких машин, но и деталей их конструкций. Его, в частности, интересовал профиль лопаток рабочего колеса и направляющего аппарата гидротурбин. Но в отечественной технической литературе материалов по гидротурбинам он не обнаружил, а в иностранной они оказались очень скудными.Нелегко было и с консультантами по гидротурбинам — их просто не было. Некому было поручить даже калькировку с рабочих чертежей, разработанных С. А. Балакшиным. От всех этих трудностей у него становилось неспокойно на душе, часто возникала мысль о „реальности решения построить завод в Кургане“. Но отказаться от идеи создания в Сибири механической промышленности и гидроэнергетики С. А. Балакшин не мог. Добиться ее реализации он считал своим долгом.
