Находившаяся на боевой позиции в Гельголандской бухте английская ПЛ "Урсула" около полудня заметила, но не смогла из-за неудачной позиции атаковать шедшую на большой скорости группу "Кельна". Однако спустя полтора часа в перископе появилась вторая группа, состоящая из крейсера в эскорте, как показалось капитан- лейтенанту Филипсу, 6 эсминцев. Британский командир переоценил скорость "хромого" "Лейпцига" и только последняя торпеда из четырехторпедного залпа, выпущенного с расстояния 7 каб., прошла в 50 м перед его форштевнем. Тем не менее, Нордманну пришлось отвернуть сначала влево, застопорить дизели, а затем дать полный ход (10 узлов!) и повернуть вправо, чтобы избежать попадания. Однако одна, а возможно и две, торпеды попали в сторожевик "F-9", принятый Филипсом за эсминец. Небольшой корабль взрывом буквально разорвало на части, а "Лейпциг" вновь уцелел. Впоследствии Нордманн подвергся критике за ордер своего отряда. Специалисты флота считали, что завеса должна была быть открытой спереди, чтобы мощные гидрофоны крейсера смогли обнаружить шумы ПЛ. Однако именно это построение спасло практически беспомощный "Лейпциг". Только к полуночи ему удалось благополучно достичь устья Эльбы.
После временного ремонта на заводе "Блом унд Фосс" в Гамбурге крейсер перевели на верфь "Дойче Верке" в Киле, куда он прибыл 27 февраля 1940 г. Ремонт оказался длительным и трудоемким. Пришлось извлечь все котлы, насосы и трубопроводы из отделений 1 и 2, заменить магистрали левого борта, заделать пробоину в борту и вновь установить оборудование. Работы завершились только к концу года, и 1 декабря 1940 г крейсер вновь приняла комиссия флота. Однако "Лейпциг" был уже не тот: 4 котла так и не заняли своих мест; вместо них в бывшем котельном отделении разместились помещения для кадетов. Бывший легкий крейсер стал учебным кораблем; теперь он мог развить не более 24 узлов.
Период ремонта пришелся на самые горячие для германского флота дни: вторжение в Норвегию, в котором участвовали все боеспособные корабли флота, обошлось без "Лейпцига". С 5 по 13 декабря 1940 г он принимал боезапас и снабжение, затем, с 21 декабря по 6 января, состоялись испытания оружия. 8 января корабль вновь оказался в доке "Дойче Верке", на сей раз совсем ненадолго. Конец января и начало февраля заняли испытания механизмов и вооружения. Поскольку наиболее существенным достоинством крейсера стали теперь обширные кубрики, способные служить помещениями для . жизни и учебы большого числа моряков, 15 февраля 1941 г командование Кригсмарине включило его (вместе с остальными уцелевшими легкими крейсерами) в состав учебной эскадры на Балтике. (Задачи и действия этой эскадры подробнее описаны ранее, в истории деятельности "Кельна".) Начало 1941 г прошло в небольших учебных походах, а в июне "Лейпциг" вместе с "Эмденом" и карманным линкором "Лютцов" посетил с кратким визитом захваченную Норвегию, зайдя в Хортен и Осло. В начале июля на борту "Лейпцига" появился начальник штаба флота, контр-адмирал Тиле, наблюдавший за маневрами, проходившими уже в условиях начавшейся войны с Советским Союзом. Первоначально корабль не предназначался для боевых действий: в августе он спокойно посетил Копенгаген, и только в сентябре его включили в состав так называемого "Балтийского флота" - отряда, предназначенного для действий против СССР.
