Начало 1938 г также было посвящено различным маневрам и упражнениям в Кильской бухте. В середине марта состоялись новые учения Разведывательных сил, а в последний день месяца крейсер отправился на профилактику на завод "Дойче Верке" в Киле. После полуторамесячного ремонта боевая подготовка возобновилась с новой силой. Германия интенсивно готовилась к возможным военным действиям, с 7 июня "Лейпциг" непрерывно в деле, совершив до начала октября 8 переходов между Балтикой и Северным морем.
В 1938 г интенсивно использовавшемуся крейсеру пришлось побывать на заводе трижды. С конца октября до 20 ноября на нем проводились работы все на том же заводе "Дойче Верке". Находившийся на ремонте корабль 5 ноября посетил новый командующий флотом, адмирал Бем. За следующий месяц "Лейпциг" успел поучаствовать в маневрах в Кильской бухте и флотских торпедных стрельбах в Мекленбургской бухте, а 17 декабря он в третий раз за год встал на ремонт на верфь "Дойче Верке".
Покинув заводской причал 15 марта 1939 г, "Лейпциг" вновь включился в маневры и упражнения Разведывательных сил. До войны оставалось совсем немного времени, но крейсер успел совершить еще один короткий зарубежный поход - последний. Пройдя 17 апреля Кильским каналом, он посетил знакомый рейд Танжера, где его командир и командующий Разведывательными силами обменялись визитами вежливости с будущими противниками, французским контр-адмиралом, находившимся на борту новейшего лидера "Могадор", и командиром британского эсминца "Графтон". 18 мая "Лейпциг" возвратился в Киль. 24 мая командующий Разведывательными силами перенес свой флаг на "Нюрнберг".
Короткий "представительский" поход сменился напряженными учениями. За июнь-июль крейсер провел все возможные стрельбы, а также совместные радио- и ходовые упражнения с "Нюрнбергом" и "Кельном". Эти три корабля составляли костяк Разведывательных сил, и предпринимались значительные усилия, чтобы отряд был сплаванным. В промежутках "Лейпциг" служил учебной целью для самых различных кораблей германского флота, от подводных лодок до линкора "Гнейзенау".
В начале войны "Лейпциг", командиром которого в это время был капитан цур зее Нордманн, базировался на Киль. Зоной его действий была Балтика, однако крейсер не принимал участия в боевых действиях против Польши, поскольку в октябре его поставили на двухнедельный ремонт механической установки. После обязательных ремонтных испытаний и учебных торпедных стрельб обновленный корабль перешел Кильским каналом на Северное море, где провел остаток месяца на буе стоянки Брунсбюттель. Не имевшее конкретных целей командование Кригмарине вновь перевело корабль на Балтику, и 1 ноября он прибыл в Свинемюнде, где должен был принять участие в маневрах вместе с "Нюрнбергом", "Кельном" и "Кенигсбергом". В дождливую и темную ночь 7 ноября он столкнулся вблизи Киля с учебноартиллерийским судном "Бремзе", получив повреждения обшивки правого борта. Последовал недельный ремонт в Киле, после которого был получен приказ войти в состав действующего на Северном море отряда контр-адмирала Лютьенса.
