Тем временем вождь мамлюков Мурад-бей собрал многотысячное воинство и встретил французов под древними пирамидами. Здесь 21 июля произошла историческая битва, перед началом которой Наполеон объявил по линии своих войск: «Солдаты! Сорок веков смотрят на вас с высоты этих пирамид!» Мамлюки были разгромлены, Каир пал, Египет покорился.
Но в тот момент, когда французы уже могли думать, что столь блистательно начатый поход сулит им сплошной триумф, все резко осложнилось. 1 августа Нельсон разыскал флотилию Бонапарта в Абукирском заливе и уничтожил ее. Теперь Наполеон и его армия были блокированы в Египте и надолго отрезаны от Франции. Мало того, расчет Наполеона революционизировать народные массы Египта и опереться на них не оправдался. Его призывы к свободе и равенству не доходили до сознания «низов», отсталых, запуганных и задавленных беями. «Низы» только покорялись — любой силе. «Бонапарт оказался в Египте — и это стало трагедией всего похода — в социальном вакууме», — справедливо заключил А.З. Манфред. Не верилось после этого, что другие народы Востока от Египта до Индии воспримут идеи Французской революции с большим воодушевлением.
Наполеон, однако, не падал духом. Он образовал цивилизованную систему управления Египтом, хотя и с жестким сбором податей и налогов, но зато с местным представительством при французских властях и с уважением к исламу. Его ученые, открывшие уникальный Розеттский камень с древнеегипетскими текстами и составившие описание Египта в 24 томах, положили начало изучению этой прародины человечества.
Закрепившись в Египте, Наполеон решил все-таки идти далее на Восток — через Сирию к крепости Сен-Жан д'Акр, которая считалась ключом к Индии. 9 февраля 1799 г. он выступил из Египта в Сирию с 13 тыс. бойцов и 18 марта подошел к Сен-Жан д'Акр, с боем взяв Яффу и Хайфу, где его пытались остановить турки.
С Яффой связаны два эпизода из жизни Наполеона, обросшие колоссальной литературой всех жанров — от исторической науки до лирической поэзии. Первый эпизод: расстрел 4 тыс. турецких янычар, сдавшихся в плен после штурма Яффы. Турки ранее обезглавили французского парламентера, что по праву войны наказуемо смертью. Но кто-то из офицеров Наполеона обещал им перед сдачей в плен сохранение жизни. Наполеон, узнав об этом, был страшно разгневан: «Что мне теперь с ними делать? Где у меня припасы, чтобы их кормить?» Три дня он колебался, а на четвертый день утвердил решение военного совета с участием Клебера, Данна, Бертье расстрелять пленных. Вот почему Стендаль считал, что «ответственность за этот ужасный поступок нельзя целиком возлагать на одного главнокомандующего». Тем не менее поступок был ужасным, он лег пятном на репутации Наполеона как первое из трех самых варварских его дел (вторым будет расправа с герцогом Энгиенским, третьим — приказ о взрыве Московского Кремля).
