Действительно, в общем облике храма Климента, в членении на парадные этажи, в узорных металлических решетках, охватывающих верх здания, в обилии декора ощущается влияние дворцовой архитектуры. Если не смотреть на завершающее храм пятиглавие, то можно спутать его со светским зданием, потому что эта церковь не имеет алтарных выступов, а низкая трапезная и колокольня, хоть и расположены с ней по одной оси, мало сочетаются с главным объемом. Эти и другие архитектурные особенности и несоответствия осложняют задачу идентификации архитектора церкви Климента, папы римского. Но кто бы ни был автором, со своей задачей он справился великолепно.
По описи, проведенной в 1770 году, храм Климента оказался в числе пяти храмов, «наилучших во всей Москве». Необычная церковь с хорами на всех четырех сторонах, увенчанная массивным пятиглавием и украшенная коринфскими колоннами, поражала своим барочным убранством. В книге И. Г. Гурьянова «Москва, или Исторический путеводитель по знаменитой столице государства Российского» 1831 года сказано: «Далее видите вы на правой руке великолепной наружности храм Священномученика Климента Папы Римскаго. Мало найдете вы церквей сей подобных. Не знаю, возможно ли придумать более наружных украшений, как придумано здесь, и все так хорошо, что нимало не портит вида. Далеко видны пять глав сей церкви, выкрашенной еще темной краскою, что по мнению нашему придает более вида. Внутренность величественна и нельзя сказать, чтоб была стеснена приделами, которых, кажется, слишком бы было для одного храма; иконостас в древнем вкусе резной, но очень хорош; ограда занесена узорчатою железною решеткою»[50].
Церковь Климента пострадала в пожаре 1812 года незначительно, разве что крыша полностью сгорела. Но французы похитили всю дорогую утварь, оклады и другие ценности. Иконостасы и иконы остались невредимы во всех приделах. После смерти благотворителя К. М. Матвеева храм часто бедствовал. Удивительно, но приход такой величественной и пышной церкви практически на протяжении всей ее истории оставался малочисленным и бедным. Причту было очень трудно содержать дорогое, уникальное убранство храма в надлежащем благолепии. Часто в архивных документах встречаются записи вроде этой: «Зданием каменная, многия имеет ветхости, а имянно крыши как на холодной и на теплой церкви во многих местах проржавели. Четыре главы облиняли и ржавеют, снаружи штукатурка во многих местах обвалилась, паперть и ограда кругом всей церкви обветшали, в холодной церкви многие рамы от долговременности повредились». О бедности церкви говорит тот факт, что Московское епархиальное управление включило храм в число наиболее нуждающихся во вспомоществовании церквей и выделило ему единовременную помощь, чтобы начать богослужения. В 1853 году московский митрополит Филарет помог храму Климента пособием в размере трехсот рублей. Во второй половине XIX века благосостояние церкви улучшилось. Большой вклад в церковную казну внесло купеческое семейство Куниных, особенно после того, как в 1886 году церковным старостой стал С. А. Кунин. В 1900 году храм Климента, папы римского, был обновлен на пожертвованные сто тысяч рублей Е. С. Ляминой – вдовой городского головы, купца первой гильдии И. А. Лямина.
