Церковь была сильно переделана в ХIХ ве ке, что значительно затрудняет воссоздание ее первоначального облика.
Собор пережил войны, землетрясения и перестройки. Первое сведение о реставрации относится к XII веку: согласно лапидарной[15] надписи этого времени в западном углу южного фасада, некий Георгий во время царствования сына святого благоверного царя Давида Строителя царя Димитрия (1125–1156) возобновил Бодбийский храм. Следующее восстановление поврежденного персидским нашествием комплекса, по имеющимся историческим источникам, было проведено царем Теймуразом I около 1631 года, когда здание по всему периметру было обнесено кладкой.
После этого восстановительные мероприятия проводились по инициативе епископа Бодбийского Иоанна в 1823 году, о чем свидетельствует надпись над западным входом церкви. Церковь была снабжена новой утварью, были возобновлены врата монастыря, возведены купольные портики и ложный купол церкви, удаленные во время реставрации 1986–1989 годов (тогда же были сбиты и обливные кирпичи XVII века по западному фасаду), храм был расписан сценами из Ветхого Завета, Страстей Господних, чудес и притч Христа, Страшного Суда, житийными циклами святого Георгия и святой Нины, изображениями отдельных святых и портретом Бодбийского епископа Иоанна. Сцены из цикла Господних праздников (кроме Сошествия Святого Духа) были перенесены на созданный в то же время иконостас.
В том же 1823 году епископом Иоанном было построено новое двухэтажное каменное здание, где была устроена небольшая домовая церковь с иконостасом, возобновленным попечением архимандрита Макария на средства с. Сараджова в 1859 году. В 1857 году архимандритом Макарием была перекрыта крыша церкви, а стены побелены снаружи. В 1862 году была начата постройка трехэтажной кирпичной колокольни, которая была завершена настоятелем церкви иеромонахом Николаем (Микеладзе) в 1885 году. Колокола, а также много ценных икон старанием М. Сабинина[16] были пожертвованы разными лицами Москвы и других городов России.
В церкви под спудом почивают мощи святой просветительницы Грузии – одна из величайших святынь Грузинской Церкви. Видимо, наряду с проведением реставрационных работ в 1823 году было создано и надгробное изображение святой Нины, скрытое в конце XIX века мраморным надгробием с изображением святой, созданным попечением М. Сабинина. Возведенный на этом месте 27 января 1997 года, в день святой Нины, на средства грузинских футболистов братьев Арвеладзе и благотворительной организации «Тетри Мандили», новый надгробный мраморный памятник из Каппадокии, родины святой, вновь открыл эту роспись.
