В 1617 году при Бодбийском монастыре была учреждена школа, в которой помимо церковных предметов преподавались также и светские науки: философия, физика, геомет рия. После вхождения Грузии в состав России она была преобразована в трехклассное духовное училище, которое из-за малочисленности учеников в 1838 году было объединено с Телавским. Около 1889 года при Бодбийском храме была основана монастырская школа с рукодельным отделением.
Бодбийский монастырь владел богатой библиотекой. Помимо церковной литературы, библиотека обладала такими трудами, как «Грузинская грамматика» Католикоса-Патриарха Антония I, «Грузинский лексикон», «Риторика» и др. (все утеряно в советские годы после национализации церковного имущества).
После революции монастырь был закрыт.
8 1995 году Священный Синод Грузинской Церкви принял решение об обновлении церкви святой Нины, в связи с чем Католикос-Патриарх Грузии Илия II благословил начать археологические раскопки, во время которых были обнаружены: сосуд малого размера с надписью XVII века, фрагменты фаянсового сосуда с голубым орнаментом XI–XII веков, медный сосуд с надписью о его принадлежности епископу Иоанну Бодбийскому, чаша с разноцветным орнаментом, по стилю и технике выполнения схожая с восточно-грузинской керамикой I века, колокол, датированный средними веками. Найденные предметы хранятся в церкви святой Нины.
Также была обнаружена старая трапезная, состоящая из двух частей и схожая по форме с нижней трапезной, характерной для грузинского зодчества IX–X веков, что позволяет предположить о ее современности основанию церкви. Археологические исследования не завершены и в дальнейшем будут продолжаться.
В ущелье на северо-востоке от монастыря находится источник святой Нины («Нинос цкаро») с целебной водой. В настоящее время там построены купальня и маленькая церковь во имя родителей святой Нины, святых Завулона и Сусанны.
Главное здание монастыря – собор во имя святых Георгия Победоносца и Нины.
Собор был построен в 850 году на месте не сохранившегося храма святой Нины. Он представляет собой трехнефную базилику с продолговатым усеченым верхом, типичным для грузинских храмов, поддерживаемым рядом колонн. Собор построен из цельного кирпича, в целом несвойственного материала для Грузии в IX веке. Интерьер собора украшен росписями IX века и фрагментами изображений, датированными от XII до XVII столетия. Мощи святой Нины покоятся в недоступной ныне крипте под юго-восточным помещением. Центральный престол посвящен святому Георгию Победоносцу, а южный придел, где была погребена святая, – святой Нине.
