Филострат приводит сведения об обожествлении Аполлония в народной среде вопреки желанию самого Аполлония. Брахманы в Индии предсказывают, что Аполлоний "будет многими почитаться за бога не только после смерти, но еще при жизни". Власти преследовали Аполлония, как неофициального бога: "…люди тебе поклонялись, и потому пошел на тебя донос, будто почитают-де тебя наравне с богами". После смерти Аполлония, согласно Филострату, мнение о его божественности еще более распространилось: "И еще после кончины своей проповедовал Аполлоний о бессмертии души…Аполлония уже не было среди людей, и народ дивился его кончине, однако же никто не осмелился и заикнуться, будто отошедший не бессмертен, а потому все только и толковали, что о душе, ибо местная молодежь была страстно привержена наукам. Сам Аполлоний в письмах смело утверждает свою причастность к лику богов: "Стоит ли удивляться, что повсюду люди почитают меня богоравным, а то и богом…я превосходнее большинства людей нравами и помыслами…" (письмо №44)).
Император Нерон жестоко преследовал философов и прорицателей. Филострат сообщает, что робкие люди советовали Аполлонию не ездить в Рим, но он безбоязненно пошёл с восемью учениками в этот город, публично учил там в храмах и беседовал одинаково с незнатными и знатными, приходившими к нему. Александрийцы, до которых доходила слава Аполлония, приняли его как бога. В Александрии он, согласно рассказу Филострата, имел разговор с Веспасианом и предсказал ему, что Вителлий будет убит, и он будет императором. Также он предсказал Нерве получение императорского престола. Домициан велел заковать Аполлония и бросить его в темницу. Призванный на суд, Аполлоний произнес речь, в которой подробно и блистательно опроверг обвинения в политических злоумышлениях и в чародействе, изложил свои правила, объяснил свои цели, свою деятельность и, сказав, что император не властен ни над душой, ни над телом его, внезапно исчез из зала суда. В тот же миг он явился в Путеолах своим друзьям Дамиду и Димитрию, к великому изумлению их, потом отправился в Олимпию и поселился там в храме Зевса.
Когда по Греции, считавшей его погибшим, разнеслась весть о его спасении, знатнейшие пожилые люди и юноши из всех городов пришли в Олимпию видеть и слышать его и чтили Аполлония Тианского, как бога. Через 40 дней он отправился в беотийский город Лебадею, посетить пещеру Трофония. Его сопровождало множество народа; толпы теснились к нему, чтобы слышать из его уст слова мудрости, которую он безвозмездно излагал всем желающим. Об устроении общественной жизни Аполлоний говорит: «Лучше всего каждому делать то, что он знает и умеет. И если в городе один прославится, возглавляя народ, а другой стяжает почёт своею мудростью, а ещё кто-то – на общее дело употреблённым богатством, а ещё кто-то – милосердием, а ещё кто-то – строгостью и неумолимостью к преступникам, а ещё кто-то – незапятнанными руками, – вот такой город будет во благе покоен, а вернее сказать – во благе стоек!»
