Заключенное соглашение стало базой для значительного укрепления позиций России на Дальнем Востоке и в Китае, но одновременно вызвало резкое недовольство других империалистических держав и стало источником ряда международных конфликтов, в том числе русско-японской войны 1904-1905 г. и конфликта 1929 г. Уже в ходе строительства и в начале XX в., во время периодически происходивших восстаний китайского населения, разрушались железнодорожные пути и станционные строения, истреблялись строительные партии. Особенно сильные разрушения были произведены в ходе восстания ихэтуаней (боксерского восстания), направленного против засилия иностранцев, деятельности иностранных религиозных проповедников и тяжелого экономического положения населения. Восстание было подавлено силами войск России, Великобритании, США, Франции, Германии, Японии.
Тем не менее, построенная железная дорога стала мощным фактором экономического и культурного развития Манчжурии.
Победа Великой Октябрьской социалистической революции в России и последовавшие затем гражданская война и интервенция привели к тому, что территория вдоль КВЖД стала местом концентрации белой эмиграции, значительно способствовавшей дестабилизации обстановки после восстановления контроля советского правительства над линией железной дороги. Ситуация осложнялась неустойчивостью, внутриполитического положения в Китае, фактическим отсутствием единого управления страной.
После подавления восстания ихэтуаней революционное движение продолжало развиваться, поскольку сохранили свою силу все факторы, вызывавшие недовольство китайского населения. В ходе революционного процесса на юге сформировалось временное революционное правительство во главе с избранным временным президентом республики Сунь Ят-сеном. На севере страны сохранялась власть цинской династии правительство которой возглавин Юань Ши-кай. После отречения цинской династии он становится президентом Китая, сменив Сунь Ят-сена. Антинациональная политика Юань Ши-кая привела к новому подъему революционного движения, в ходе которого власть в северных районах оказалась в руках генералов-милитаристов, а на юге — в руках партии Гоминьдан во главе с Сунь Ят-сеном, который, под влиянием Великой Октябрьской социалистической революции, предпринял ряд шагов по сближению с коммунистической партией Китая. Во второй половине 20-х гг. Гоминьдан и возглавлявший его после смерти Сунь Ят-сена — Чан-Кай-ши заняли антисоветскую и антикоммунистическую позицию, одним из проявлений которой стал захват КВЖД в 1929.
