Второй причиной, почему естественный отбор не может вызвать эволюцию — это то, что он не может произвести все изменения одновременно, необходимые для перехода животного из одного вида в другой.
Вы, возможно, сумеете представить себе, что кролик, в результате эволюции, превратился в зайца, потому что заяц внешне похож на кролика, только у него длиннее ноги. Но зоолог скажет вам, что между кроликом и зайцем множество скрытых различий. Протеины в их крови, к примеру, совершенно разные, также и многие другие химические соединения тела. Используя этот биохимический фактор, мы можем заметить, что в определенном смысле, человек ближе к свинье, чем к обезьяне и т. д. Только потому, что одно животное (или растение) выглядит похожим на другое, мы не можем утверждать, что одно развилось из другого или даже, что они произошли от одного общего предка.
Существует такое множество различий даже между очень похожими животными, что с помощью естественного отбора невозможно объяснить все изменения, которые должны были произойти для превращения одного животного в другое. Это утверждение остается верным, даже если мы допустим, что на естественный отбор влияли многие факторы, такие как: враги, наличие корма, климат и т.д. Теперь посмотрим на третью причину. Мы убедимся вскоре, что различие между родителями и детьми небольшое. Предполагается, что эволюция происходит путем миллионов изменений. Для развития такого сложного органа, как глаз (Вклейка 4) или даже просто кожи, или волоса требуется очень большое количество таких небольших изменений в генах животного. Совершенно очевидно, что существо, имеющее глаза, имеет преимущество перед существом сходным, но без глаз. Но какие преимущества у существа с наполовину развитыми глазами?
Даже если у существа сформировался хрусталик, но не развилось светочувствительная сетчатка, оно по-прежнему остается слепым. Более того, даже если шаг за шагом глаз сформировался полностью, животное останется слепым до тех пор, пока не разовьется зрительный нерв и соответствующие клетки мозга.
Пошаговая эволюция органов должна происходить потому, что каждый ее шаг стимулируется естественным отбором. Но так естественный отбор может работать только в том случае, если каждый следующий шаг дает живому существу какое-то преимущество. Очевидно, что сотни шагов в развитии должны были быть пройдены прежде, чем существо могло получить преимущество от глаза. Эти шаги не могут быть результатом действия естественного отбора.