В целом бой у острова Фидониси не оказал особого влияния на ход кампании 1788 года, однако сыграл положительную роль в истории флота: это была первая победа русского флота на Черном море, здесь раскрылся флотоводческий талант Федора Федоровича Ушакова.
Вскоре Потемкин решил убрать Войновича из-за его нерешительности. К моменту кампании 1789 года Потемкин отправил Мордвинова в отпуск, Войновича назначил на его место, а Севастопольскую эскадру отдал в подчинение получившему чин контр-адмирала Ушакову, ставшему кавалером ордена Святого Владимира 3-й степени.
В турецком флоте тоже произошли изменения в командном составе. Гассан-пашу отстранили от управления флотом и отправили командовать сухопутными войсками, а вместо него назначили молодого, решительного, но неопытного Гуссейна-пашу. Он воспитывался вместе с новым турецким султаном Селимом III, который, прийдя к власти, назначил Гуссейна капудан-пашой и выдал за него замуж свою сестру.
Однако главные события в этом году происходили на суше. Вместе с австрийцами Суворов разбил турок при Фокшанах, затем одержал знаменитую победу при Рымнике и взял Хаджибей. Потемкин взял Кишинев, Аккерман и Бендеры.
Кампания 1790 года, как и предыдущая, началась с перестановок высшего командного состава. В конце концов Потемкин отправил Войновича командовать Каспийской флотилией. Теперь Ушаков возглавлял флот и командовал Севастопольской эскадрой. Считая, что Россия, ослабленная войной со Швецией, не сможет защитить Крым, Селим III приказал Гуссейну возвратить этот полуостров Турции. На подготовку к экспедиции турки средств не жалели.
Когда в Севастополе узнали, что у Кавказского побережья появился турецкий флот, эскадра Ушакова сразу вышла в море. В ее составе было пять линейных кораблей, десять фрегатов и семнадцать мелких судов. В турецком флоте насчитывалось десять линейных кораблей, восемь фрегатов и 36 мелких судов. Вскоре Ушакову стало известно, что неприятель направляется к Керченскому проливу. Он поставил свою эскадру на якорь вблизи Бугазской протоки. Дымка слегка закрывала горизонт и, естественно, маскировала корабли. 8 июля около десяти часов утра показался неприятельский флот. Быстро снявшись с якоря, Ушаков построил эскадру в линию баталии и пошел на сближение. Гуссейн-паша выполнил примерно такой же маневр, причем против русского авангарда выделил самые мощные корабли, в промежутках между крупными кораблями поставил более мелкие.
