Какакорум и позже считался особым центром. Преемник Хубилая Тимур-хан в 1294 г. назначил сюда правителем своего брата.
Новый и очень сильный урон нанесла Каракоруму борьба против Тимур-хана царевича Дувы. Во время этой войны уже проявились признаки начала разложения империи. Иначе чем объяснить, что один из высших командиров императорской армии, посланной против восставшего Дувы, «разграбил Каракорум и отдал на расхищение базары и амбары», как писал в 1311 г. персидский ученый Рашид-ад-Дин в «Сборнике летописей».
Только при Тогон-Тимуре, вынужденном оставить Пекин, были приняты меры для восстановления бывшей «столицы мира». Однако вскоре армия свергнувших монгольскую династию китайских императоров династии Мин вторглась в Монголию и, подступив к Каракоруму, взяла его и разрушила.
После этого от Каракорума осталась лишь глухая память. Только однажды вспомнил о нем ученый хронист XVII в. ордосский князь Сенан Сецен. Он назвал Каракорум не по-китайски — Холин, а по-монгольски — «Хорум-хан… балгас».
Полагают, что, выбирая место для строительства монастыря Эрдэни-Цзу, халхасский Абатай-хан также принял к сведению место древней столицы и построил в 1585 году монастырь немного южнее ее развалин. При этом, однако, в качестве строительных материалов были широко использованы остатки древних зданий…
Новую жизнь, уже как ценнейшему памятнику прошлого, Каракоруму дали научные исследования связанных с ним древних письменных источников и остатков материальной культуры. В 1889 году развалины Каракорума были открыты и описаны Н. М. Ядринцевым. В 1948-м и 1949 году здесь работала советско-монгольская археологическая экспедиция. Ее руководитель Сергей Владимирович Киселев (1905–1962) был удостоен за эту работу звания члена-корреспондента АН СССР и Государственной премии СССР.
Сейчас монгольские и немецкие ученые проводят комплексные изыскания в 380 км юго-западнее современной столицы Монголии, и находок очень много! Уже то, что раскопано, позволяет реконструировать внешний облик города, заполнить «белые пятна» истории Средних веков.
Те немногие европейцы, посетившие Каракорум в XIII и ХІV вв., были восхищены его красотой и характеризовали как «чудо света». Город, в отличие от других поселений того времени, имел правильную планировку. Его украшало множество храмов. В самом центре возвышался величественный дворец. Сегодня от дворца хана сохранились лишь 64 гранитных столба.
Здесь же было отрыто кладбище. Находка в могиле 30-летней женщины преподнесла ученым очередную загадку. Две великолепные черные маски, вытесанные из легкого туфа, напоминали произведения искусства Древнего Египта. Как египетские маски попали в центр Азии? Родилась гипотеза: либо маски привезены эфиопскими купцами, либо их доставили воины, покорившие страну. Категорически исключалось их изготовление на месте.
