В своей речи от 19 ноября 1784 года президент объявил, что около 30 демократических обществ, возникших по образцу якобинских клубов в США, являются ответственными за восстание и угрозу «неделимому союзу». Таким образом, администрация все больше приобретала характер федералистского партийного правительства, в котором доминируют политики северных штатов.
В этот период, в январе 1795 года, Александер Гамильтон подал в отставку, но это только усилило в Вашингтоне чувство одиночества.
Несколько месяцев спустя разгорелся спор вокруг договора с Англией, который Джон Джей выторговал в Лондоне. Чтобы сохранить мир, посол по особым вопросам во многих пунктах пошел навстречу британцам, например, в определении контрабанды и в регулировании некоторых открытых вопросов договора 1783 года.
Когда сенат после ратификации опубликовал договор Джея в июне 1795 года, разразилась буря негодования, которая могла бы смести менее сильного президента, чем Вашингтон, вместе с его правительством. Республиканцы обвинили правительство в подчинении британцам и измене французскому союзнику. Даже сам Вашингтон начал колебаться, но к середине августа добился подписания договора. Его недоверие, однако, уже зашло так далеко, что он начал подозревать министра иностранных дел Рэндольфа в тайном сговоре с французами.
Спор партий приобрел резкий тон, и личность самого президента все чаще становилась мишенью для враждебных нападок республиканских газетчиков, вплоть до обвинения в том, что Вашингтон регулярно превышает свое годовое жалованье в 25 000 долларов и обогащается за счет государства. В действительности же президент платил из этой суммы не только жалованье своему секретарю и всем служащим в доме, но и оплачивал все расходы на поездки и приемы.
В феврале 1796 года дискуссия вокруг договора Джея вспыхнула с новой силой, потому что республиканское большинство в палате представителей отказалось предоставить необходимые деньги на исполнение отдельных положений договора.
Конфликт был смягчен, когда республиканский спикер палаты, немец по происхождению, Фредерик Муленберг, в решающем голосовании 28 апреля 1796 года при равенстве голосов отдал свой голос за предоставление денег. После того как договор окончательно вступил в силу, парижская Директория расторгла альянс 1778 года.
Это, однако, было уравновешено тем, что другой посол Вашингтона по особым делам, Томас Пинкни, заключил в октябре 1795 года выгодный договор с испанским правительством, обеспечивавший американцам свободное судоходство по Миссисипи и беспошлинный вывоз их товаров через Новый Орлеан.
