Почитание муз согласуется с практикой музыкального воспитания, введённого Пифагором. По скорее всего, храм Муз — это название школы, указывающее на универсальный характер обучения. Музы (дословно — «мыслящие») были покровительницами не только искусств, но и любого приложения человеческой мысли и чувства. При этом служение музам рассматривалось как служение их покровителю Аполлону, с которым Пифагор был связан уже своим именем. Не потому ли ученики могли называть своего руководителя Гиперборейским Аполлоном?
Обозначение школы Пифагора храмом Муз не случайный факт в истории античной науки. Известно, что при Академии Платона существовал тот самый храм Муз, который послужил для Деметрия Фалерского, приглашённого египетским царём Птолемеем, прототипом в создании знаменитого александрийского мусейона, сочетавшего в себе и школу, и исследовательский центр, и библиотеку, без которой непредставимо сама школа.
Невоспринятой, скорее всего, была авторитарная система обучения, превращавшая учеников в покорных потребителей истины в последней инстанции. На первых порах, может быть, это и способствовало быстрому продвижению к цели, но одновременно становилось источником имевшего трагические последствия конфликта между продвинутыми учениками («математиками») и слушателями («акусматиками»).
Создание храма Муз, функционировавшего как учебно-воспитательное учреждение, было событием, выходящим за рамки не только Кротона, но и всего южно-италийского региона, получившего впоследствии название Великая Греция. Создавалась прослойка интеллектуалов, занявших ведущие места в своих городах-государствах. Они были носителями определённого образа жизни и определённой идеологии, чуждых основной массе населения, отцовским и дедовским обычаям.
Этот конфликт не мог не завершиться катастрофой, но попытка понять связанные с нею обстоятельства гибели Пифагора наталкиваются на тот же разнобой сведений, который характерен для всего, что связано с этим человеком. Так же как мы не знаем точной даты его рождения, не известна нам и дата его насильственной или естественной кончины. Мы можем только догадываться, что смерть Пифагора ещё не означала гибели созданной им организации. Уничтожение же первой волны пифагореизма достаточно определённо датируется серединой V в. до н.э.
Места собраний пифагорейцев тогда окружались и поджигались. За отдельными беглецами шла охота, как за дикими зверями. Именно тогда, вопреки утверждению, будто рукописи не горят, большая часть сочинений ранних пифагорейцев превратилась в пепел. Сгорели бы и труды Пифагора, если бы он их писал.
