Органы городского управления могут быть также наделены государственными полномочиями по финансированию муниципальных и частных транспортных предприятий и перевозчиков для компенсации перевозки льготных категорий пассажиров, при условии получения соответствующих субвенций из федерального или регионального бюджета.
В системе городского транспорта большинства российских городов накопилось много сложных проблем.
Одной из них является проблема контроля оплаты за проезд. Другой не менее важной проблемой является износ подвижного состава. В большинстве городов России муниципальный пассажирский транспорт изношен практически наполовину. Средств городского бюджета, а также части выручки муниципальных транспортных предприятий не хватает для ремонта подвижного состава, поскольку большая их часть идет на компенсацию проезда льготных категорий населения. Повышение стоимости проезда вызывает лишь отток пассажиров в частные автобусы, в результате чего муниципальный транспорт терпит дополнительные убытки.
Необходима также увязка работы внутригородского и внешнего транспорта. Управление объектами внешнего транспорта (железнодорожные и автовокзалы, речные и морские порты, аэропорты и др.) осуществляется, как правило, государственными предприятиями или крупными акционерными компаниями. Органы городского управления обязаны обеспечить «стыковку» этих объектов с маршрутами внутригородского транспорта, сетью предприятий торговли и общественного питания, другими городскими службами.
Для организации и управления транспортным комплексом города в администрациях большинства крупных городов имеются структурные подразделения, ведающие вопросами городского транспорта. Предпочтительной является схема с единым структурным подразделением, ведающим вопросами пассажирского транспорта и содержания городских дорог.
Перспективной является схема с выделением в отдельную структуру (муниципальное предприятие) службы муниципального заказчика транспортных услуг. В этом случае за структурным подразделением администрации закрепляются вопросы нормативно-правового регулирования транспортной деятельности на территории муниципального образования и финансирования перевозки льготных категорий пассажиров через систему муниципального заказа. Служба заказчика транспортных услуг распределяет объемы перевозок между муниципальными и частными перевозчиками на конкурсной основе, устанавливает графики движения, осуществляет диспетчерский контроль и выполняет другие функции управления транспортным обслуживанием населения:
