Ю. Ф. Самарин пишет в книге «Феофан Прокопович и Стефан Яворский»: «Из всех дел и слов Никоновых, до нас дошедших, усматривается его двойственное стремление: отрешить безусловно церковные владения, управление ими и судопроизводство в них от всякой подчиненности верховной власти, изолировать их в государстве, другими словами, гражданские права духовенства, как сословия, вознести на степень существенных прав самой Церкви, и в то же время в области Церкви всю власть сосредоточить в своих руках, водворить монархическое начало: эти две цели клонились к одной главной: возвести Церковь на степень самостоятельного государства в государстве. Поэтому все предшествующие учреждения (которыми Цари ввели управление церковными имениями в состав общего государственного управления, подчинив его своему надзору, нисколько, впрочем его не стесняя, Монастырский Приказ и пр.). Никон считал беззаконным вмешательством в судопроизводство церковное, расписание церковных имуществ, предписанное Царем возбуждало в нем негодование».
Нельзя не отметить также, что Никон был главным виновником прекращения работы Земских Соборов в царствование Алексея Михайловича. «Не сомневаемся, — заявляет С. Платонов, — что главным виновником перемены правительственного взгляда на соборы был патриарх Никон. Присутствуя на соборе 1648 года в сане архимандрита, он сам видел знаменитый собор; много позднее он выразил свое отрицательное к нему отношение в очень резкой записке. Во второй половине 1652 года стал Никон патриархом. В это время малороссийский вопрос был уже передан на суждение соборов. Когда же в 1653 году собор покончил с этим вопросом, новые дела уже соборам не передавались. Временщик и иерарх в одно и то же время, Никон не только пас Церковь, но ведал и все государство. При его то власти пришел конец земским соборам».
Митрополит Макарий говорит о гордости и властолюбии Никона в период его патриаршества. «Никон при всем уме не умел поставить себя на такой высоте, как следовало бы по отношению к своему царственному другу, не умел сдерживать своей необузданной гордости и властолюбия и с упорством оставался верен тому началу, которое высказал еще при избрании его на патриаршую кафедру, т. е. чтобы сам царь слушал его во всем, как Патриарха. В своей дружбе с царем Никон желал быть лицом господствующим и позволял себе такие вещи, которые не могли не оскорблять Государя и, повторяясь нередко, неизбежно должны были вести к столкновению и размолвкам, взаимному охлаждению друзей и наконец привести к разрыву».
