Прус живо интересовался историей культуры, а потому Египет не мог не привлекать его, особенно после археологических открытий и научных трудов современных ему учёных во главе с Гастоном Масперо (1846—1916). Ко времени начала работы Пруса над «Фараоном» вышли романы Георга Эберса «Дочь фараона» и «Уарда» и компилятивная «История Древнего Египта» польского учёного и путешественника Яна Жагелла. К тому же, Египет представлялся Прусу тем государством-организмом, где не существовало резкого классового насилия, что соответствовало теории позитивистов о гармоническом обществе. «Народ работал, жрецы составляли планы, а фараон и его достойные приближённые следили за старательным исполнением необходимой работы», — писал автор «Фараона». Однако более глубокий взгляд на предмет заставил Пруса раскрыть тему гораздо глубже.
Темой «Фараона» стала борьба за власть. Действие романа сосредоточено вокруг этой борьбы. Власть в государстве захвачена кастой жрецов. Молодой фараон Рамзес XIII стремится устранить их от власти, укрепить свою абсолютную власть, опираясь на войско. Жрецы идут на всё, чтобы удержать бразды правления: они стремятся поддержать свой авторитет различными «чудесами», используя для этого неизвестные народным массам природные явления. Они держат в своих руках все достижения науки и техники, располагают обширным аппаратом шпионов, используют предательство и провокации: даже в ближайшем окружении Рамзеса оказываются их агенты.
По сути жрецы думают не о благе государства, а о собственных интересах. Народные массы безжалостно эксплуатируются, голодают, притесняются.
Прус показывает попытки фараона стать защитником интересов трудящихся. Рамзес стремится проводить постепенные гуманитарные реформы. Но терпит поражение в борьбе со жрецами и погибает. Однако верховный жрец Херхор, пережив восстание народных масс, понимает, что частичное принятие планируемых Рамзесом мер необходимо.
Ян Парандовский писал, что в «Фараоне» «древнеегипетские отношения, обычаи, представления состоят из множества анахронизмов».
Критики и литературоведы не раз отмечали, что пейзажи в романе схематичны, а описания костюмов излишне подробны и при этом даны сухой перечислительной интонацией.
Но не воссоздание мелочей исторической картины было целью Пруса. Он рассуждал в своём историческом романе на темы, актуальные и для его времени, когда Польша была практически лишена своей государственности, и для всех последующих веков, пока существует институт государства. А главные герои — Рамзес, Херхор и представитель народа Пентуэр — обрисованы им ярко и достоверно.
