Ещё сложнее обстояли дела в союзных республиках, ставших объектом агрессии. Так, на Украине первую сессию высшего законодательного органа республики удалось собрать лишь в начале марта 1944 года.
Как и в годы гражданской войны, резко изменилось соотношение исполнительных и представительных органов. Первые, в лице исполкомов Советов, ощутимо усилились. Права исполкомов вышестоящих Советов по отношению к исполкомам нижестоящих Советов были расширены. В частности, в случае необходимости, исполком вышестоящего Совета без дополнительных выборов, путём кооптации мог пополнять состав исполкомов нижестоящих Советов. Как правило, депутатский корпус пополнялся проверенными людьми, представителями партийно-советского актива. Особенно широко подобная практика применялась на территориях, освобожденных от врага.
Огромная нагрузка в годы войны лежала на высшем исполнительном органе страны – Совете Народных Комиссаров. Наиболее важные, прежде всего, военно-хозяйственные вопросы СНК СССР принимал совместными решениями с ЦК ВКП (б). В компетенцию Совнаркома входили вопросы, связанные, например, с эвакуацией предприятий из прифронтовых в восточные районы страны. Для этого при СНК была создана новая структура – Совет по эвакуации во главе с Н. М. Шверником. С 24 июня 1941 года при правительстве действовало Совинформбюро. Им руководили лидер московских коммунистов А. С. Щербаков и замнаркома иностранных дел С. А. Лозовский. Задачи, которые решались в годы войны, потребовали создать такие новые Народные комиссариаты СССР, как наркомат боеприпасов, танковой промышленности, миномётного вооружения и ряд других.
В период военного лихолетья совершенствование механизма управления шло не только по линии централизации, но и через его демократизацию, через повышение ответственности и свободы манёвра входивших в него звеньев. Так, уже 1 июля 1941 года было принято постановление СНК СССР «О расширении прав народных комиссариатов в условиях военного времени». Наркоматам предоставлялось право перераспределять материальные ресурсы. Более того, они получили право свободно маневрировать финансами, даже направлять их на совершенно иные, нежели ранее предусматривалось, объекты. Новые объекты теперь можно было запускать без директив центра, лишь уведомив СНК СССР. Разрешалось резервировать до 5 % от утверждённого фонда зарплат. Кроме того, ведомства получали новые права в области капитального строительства и восстановления разрушенного войной. Расширялись так же права директоров предприятий. Теперь для выполнения плановых заданий они могли выдавать смежникам необходимые материалы из своих запасов.
