Как известно, В. И. Ленин создавал Совет обороны в том числе целью обуздать претензии на власть военных (во главе с Л. Д. Троцким). Такая потребность возникла, когда Троцкий совместно со Я. М. Свердловым, после покушения на Владимира Ильича образовали Революционный военный совет Республики. По факту РВСР имел более широкие полномочия, нежели ленинский СНК. Появление Совета обороны Ленин восстанавливало status quo, так как РВСР теперь должен был подчиняться вновь созданному органу. Параллель между Советом рабочей и крестьянской обороны и ГКО была очевидна всегда. Кто другой, как ни Сталин, мог попытаться воспользоваться удачным ленинским опытом в новых условиях?
Идея Государственного комитета обороны родилась у И. В. Сталина, очевидно, 29 июня 1941 года. Это произошло либо, как уже предполагалось, после посещения НКО, либо в момент работы над «Директивой о мобилизации» страны. В подтверждение этой версии, помимо всего прочего, свидетельствует содержание его выступление 3 июля 1941 года. Не только по смыслу, но и по стилистике оно вытекало из директивы 29 июня и постановления о создании ГКО. В документах встречаются не только общие образы и мысли, но и текстовые совпадения, что невозможно назвать случайным и подтверждает их общее авторство.
Будучи своеобразной надстройкой над всеми государственными органами, сам ГКО большого аппарата не имел. Он действовал через партийные и государственные органы, а также общественные организации. В процессе уже его работы, когда выявилась потребность оперативного решения ряда вопросов, был создан особый институт уполномоченных ГКО. Они действовали на фронтах, в наркоматах, отдельных союзных республиках, краях и областях, на важнейших предприятиях и стройках. В особых случаях при ГКО создавались специальные комитеты и комиссии. Например, в разное время существовали Трофейная комиссия, Комитет по эвакуации, Совет по радиолокации Транспортный комитет и др. В прифронтовых районах функцию чрезвычайных органов власти осуществляли созданные ГКО в 1941–1942 годах городские комитеты обороны. Всего городские комитеты обороны были созданы более чем в 60 городах, в том числе в таких городах-героях, как Севастополь, Одесса, Тула и др.
В своей деятельности на местах ГКО, помимо городских комитетов обороны мог опираться и на другие чрезвычайные органы военного времени. Так, в местностях, объявленных на военном положении, вся полнота власти по части обороны, охраны общественного порядка и государственной безопасности переходила непосредственно военным. Военные власти контролировали въезд и выезд из местности, объявленной на военном положении. По их распоряжению, из подотчётной им зоны могли в административном порядке выселять любого, признанного нежелательным элементом. Изданные военными властями постановления являлись общеобязательными. За их неисполнение виновные подвергались в административном порядке лишению свободы до 6 месяцев или штрафу до 3 тыс. рублей. В случае необходимости военные могли мобилизовывать транспортные средства, устанавливать военно-квартирную и трудовую повинность. Они же получали право регулировать режим работы предприятий, учреждений, торговли и коммунальных служб. Порядок проведения собраний и шествий так же переходил в ведение военных властей.
