Генпрокуратура возбудила уголовное дело и провела безрезультатную серию обысков в «Атолле», но Березовский, перепугавшись, спрятался в Швейцарии и избавился от него, сначала сократив, а затем и прекратив его финансирование. В результате свою политическую деятельность он продолжил без глаз и рук, что еще более снизило ее эффективность и разумность.
В ходе нарастающего скандала Ельцин в начале марта уволил Березовского с поста исполнительного секретаря СНГ «за регулярные действия, выходящие за рамки полномочий… и невыполнение поручений председателя Совета глав государств СНГ» (то есть самого Ельцина).
2 апреля 1999 года лидеры стран СНГ утвердили отставку, а уже 6 апреля генпрокуратура вынесла постановление о заключении под стражу Березовского и его помощника, заместителя гендиректора «Аэрофлота» Глушкова. Лишь 14 апреля это решение было отменено, но дело продолжалось.
Следователи считали, что два заместителя гендиректора (Глушков и Красненкер, в СССР писавший для Березовского диссертации «на заказ») и главный бухгалтер Крыжевская «ввели в заблуждение» гендиректора маршала Шапошникова, убедив его сосредоточить 80 % свободных валютных средств «Аэрофлота» на счетах швейцарской фирмы Andava, среди основных акционеров которой были Березовский и Глушков. Только в 1996–1997 годах через нее прошло 252 млн. долл., из которых около 40 млн. были украдены. Обвинения против Березовского были выделены в отдельное дело, а «дело «Аэрофлота»» закончилось лишь в 2004 году: обвиняемые были признаны виновными в нетяжких преступлениях и отпущены как отбывшие наказание или по амнистии. В 1999 году скандал достиг такой интенсивности, что его гендиректор Окулов специально заявлял, что у Березовского «нет ни одной акции «Аэрофлота»» и называл его контроль «мифом». Благодаря замене руководства это уже было так.
Испугавшись расследования и заявлений Е. М. Примакова о необходимости борьбы с криминалом, Березовский напряг все свои возможности — как по влиянию на «семью», так и по медийной дискредитации премьера. Он уже не осознавал, что из закулисного манипулятора сам превратился в простое орудие против Е. М. Примакова в руках тех, кого привык считать пешками своей гениальной игры.
Окружение Ельцина смертельно боялось пользовавшегося почти всеобщей поддержкой премьера. Когда делегация во главе с Ю. Д. Маслюковым договорилась с МВФ (благодаря титаническим усилиям прежде всего зампреда Центробанка Т. В. Парамоновой и Министра финансов М. М. Задорнова), дав Е. М. Примакову поддержку и России, и Запада, Ельцин уволил его как опасного конкурента. Березовский приписал эту победу себе, но решение было принято хотя и в соответствии с его мольбами, но без его участия.
