В ГДР после событий 1989 года его арестовали по обвинению в якобы «правительственных» преступлениях, заключавшихся, по версии следствия, в «широких масштабах прослушивания» и «записи частных телефонных разговоров». В германских органах СМИ были опубликованы материалы о «красном чемодане» Эриха Мильке, в котором он держал якобы личные досье на руководителей ГДР, о содействии МГБ ГДР террористическим группам из ФРГ и Ближнего Востока и другие, рассчитанные на его компрометацию как министра госбезопасности. Затем его стали обвинять за издание приказа пограничной службе стрелять на поражение в нарушителей границы с Западным Берлином (в беглецов из ГДР, из которых, как я помню, 12 погибли).
А начиная с февраля 1992 года, в объединённой уже Германии началась, как писала западногерманская пресса, «гротескная клоунада» с обвинением 84-летнего и больного уже Эриха Мильке в участии в убийстве 61 год тому назад берлинских полицейских Анлауфа и Ленка. По делу допрашивались свидетели, которым в момент событий было лет по 10–11, и применялись «несовременные» статьи уголовного кодекса ФРГ, гражданином которой он не был, а также протоколы допросов свидетелей за 1931 год. Во время процесса над Эрихом Мильке группы граждан ФРГ выражали ему свою поддержку. По решению суда Мильке в 1993 году был приговорен к 6 годам заключения, но освобождён досрочно в 1995 году.
Судебной инквизиции ФРГ и на этот раз не совсем повезло: Эрих Мильке умер, так и не сдавшись, как настоящий генерал армии.
Как и Маркус Вольф, Эрих Мильке был сторонником укрепления нерушимой, как тогда говорили, дружбы между народами ГДР и Советского Союза и, естественно, взаимодействия их служб государственной безопасности, которое осуществлялось на самом высоком уровне.
Следует отметить, что Эрих Мильке тесно и очень оперативно взаимодействовал с руководителями нашего Представительства в Карлсхорсте. Так, в октябре 1966 года он ночью лично поставил в известность Фадейкина Ивана Анисимовича, что на КПП в Потсдамском округе находится подданный Великобритании Джордж Блейк, который обратился к пограничникам ГДР с просьбой немедленно связать его с представителями советской разведки. От министра Фадейкин узнал и то, что некий офицер связи нашего Представительства в этом округе уже проинформирован, но намерен разобраться с англичанином утром. По стечению обстоятельств в Берлине находился в это время заместитель начальника ПГУ генерал-майор Кондрашёв Сергей Александрович, который понял, что англичанин есть не кто иной, как ценный агент нашей разведки, с которым он работал ещё в Лондоне. Этот источник был выдан бежавшим на Запад офицером польской разведки Голеневским, в 1961 году агент был приговорен к 42 годам заключения и отбывал срок в Англии. Как сам Джордж Блейк, так и помогавший ему в побеге из тюрьмы шотландец Шон Альфонс, также сидевшей в ней, позднее рассказали о вызволении из английской тюрьмы в своих мемуарах.
