Центр расценил решение о созыве нового «несанкционированного» съезда как очередную контрреволюционную вылазку (возможно, паническая реакция на созыв съезда была связана с опасениями того, что Махно провозгласит на нем независимую республику 133). 3 июня командующий Южным фронтом В. Гиттис отдал приказ о начале ликвидации «махновщины» и об аресте Махно. 134 4 июня Реввоенсовет Украины постановил: «Означенный съезд целиком направлен против Советской власти на Украине и против организации Южного фронта, в состав которого входит бригада Махно. Результатом съезда может быть только безобразный мятеж в духе григорьевского и открытие фронта белогвардейцам, перед которыми бригада Махно неизменно отступает в силу неспособности, преступности и предательства своих командиров». 135 Созыв съезда, конечно, не мог быть причиной выступления большевиков против Махно — ведь это был отнюдь не первый такой съезд. Просто красное командование считало, что настал подходящий момент для разгрома «махновщины».
Командование недооценивало серьезности положения. Казалось, что наступление белых — эпизод, с которым легко удастся справиться.
2 июня прибывший на Украину предреввоенсовета Л. Троцкий дает ''научный» анализ махновщины: «Поскобли махновца — найдешь григорьевца. А чаще всего скоблить–то не нужно: оголтелый, лающий на коммунистов кулак и мелкий спекулянт откровенно торчит наружу». 136 Из «классового анализа» следует вывод: «Во имя победы с анархо–кулацким развратом пора кончить, и кончить твердо». 137 Сказано — сделано, 3 июня Троцкий издает приказ о ликвидации махновщины:
«1. Первейшей задачей 2‑й Украинской армии является разрушение военной организации махновцев, причем эта задача должна быть разрешена не позже 15 июня.
2. С этой целью при содействии Реввоенсовета 2‑й Украинской армии открывается немедленно широкая агитация против махновщины с целью подготовить общественное мнение армии и рабочих масс к полной ликвидации «армии «Махно». 138 Эту «первейшую задачу» Троцкий поставил тогда, когда полным ходом развивалось наступление белых. Махновцы казались опасней деникинцев.
Выполнение этой задачи возлагалось на нового командующего 2‑й Украинской Армией (переименована в 14‑ю армию) К. Ворошилова (А. Скачко, предлагавший нормализовать отношения с Махно, был смещен 139). Вот мнение нового командарма: «Момент ликвидации этого гнойника самый удобный. Наша беда — отсутствие регулярных частей, которыми нужно занять махновский фронт и ликвидировать остатки банд. Полное отсутствие снаряжения, вооружения и даже продовольствия в 14‑й армии лишает возможности сколачивать на месте из рабочих надежные батальоны. Состояние фронта требует экстренных мер. Нужно хоть одну регулярную дивизию для очищения всего Донбасса. 140 Одну дивизию для очищения Донбасса. В этот момент десятки отборных белых дивизий выбивали целые армии из последних донецких городов. Особо благоприятствовал выполнению плана Троцкого и Ворошилова новый натиск белых на махновские позиции. Разгромив 13‑ю, 8‑ю, 9‑ю, 20‑ю и 18‑ю армии, белые обратились к «Повстанческой армии им. тов. Махно». «Махно еще держался, когда бежала соседняя 9‑я дивизия, а затем и вся 13‑я армия». 141 В условиях, когда все силы махновцев были брошены на фронт, сопротивляться натиску красных частей с тыла было невозможно. Махно заявил об уходе в отставку, призвав своих бойцов сражаться под началом красного командования.
