При таких отношениях к себе со стороны своих ближайших сподвижников и войск, положение Бориса стало, конечно, отчаянным, и прав летописец, говоря, что он пал вследствие «негодования чиноначальников Русской земли». К тому же он и сам наделал ряд промахов: вместо того чтобы послать деятельного Басманова начальствовать над войсками, он чествовал его в Москве и обещал за уничтожение самозванца выдать за него дочь свою Ксению, вместе с царствами Астраханским и Казанским, чему Басманов не мог особенно доверять, так как такая же награда была обещана и Мстиславскому, когда его посылали против Лжедимитрия. Вместе с тем Борис продолжал деятельно прислушиваться ко всем доносам и рассылал приказания о пытках и тайных казнях подозреваемых в измене лиц. Так, получив весть о шатости жителей Смоленска, Годунов послал выговор его воеводам, зачем они совестятся пытать людей духовного звания: «Вы это делаете не гораздо, что такие дела ставите в оплошку, а пишете, что у дьякона некому снять скуфьи, и затем его не пытали; вам бы велеть пытать накрепко и огнем жечь».
Подозрительность и мстительность царя не оставили в покое и узника далекого Сийского монастыря – Филарета Никитича Романова.
Невыносимо тревожное состояние, в котором находился Годунов, совершенно неожиданно закончилось 13 апреля того же 1606 года. Когда царь встал из-за стола, то кровь хлынула у него изо рта, ушей и носа; он умер через два часа, приняв пострижение под именем Боголепа; молва приписывала его смерть яду, им же самим приготовленному.
Внезапная смерть царя Бориса, разумеется, самым коренным образом меняла положение дел. Хотя Москва спокойно присягнула его шестнадцатилетнему сыну Феодору, а также царице Марии Григорьевне и царевне Ксении, но тут же во время присяги слышались уже голоса: «Не долго царствовать Борисовым детям! Вот Димитрий Иванович придет на Москву…»
Юный царь Феодор, по отзывам современников, «хотя был и молод, но смыслом и разумом превосходил многих стариков седовласых, потому что был научен премудрости и всякому философскому естественнословию». К великому его несчастью, не это было нужно в данное время. Необходимы были верные, преданные слуги, а их-то и не было. Вся надежда молодого царя и его матери сосредоточилась на Петре Басманове, которого они отправили 17 апреля с князем Катыревым-Ростовским принять начальство над ратью, стоявшей у Кром, отозвавши прежних воевод, Мстиславского и Шуйского.
