В «жалованной грамоте» императора Александра I не упоминалось уже о какой-либо «особе», контролирующей войско. В ней подтверждались права Черноморского войска на «вечное и неотъемлемое владение» пожалованными ему землями со всеми состоящими на земле угодьями, «на водах же с рыбными ловлями», а также и другие права войска материального порядка, но никакого намека на автономные права в войсковом управлении в грамоте нет, сказано просто: «Войско Черноморское получает от нас повеление через военное начальство, как об устройстве оного, так и о нарядах на службу, которые обязано пополнять с точностью и поспешностью…», «по делам войсковым должно оно (войско) зависеть от инспектора крымской инспекции, а по части гражданской состоять в ведомстве таврического губернского начальства».
В дальнейшем вся первая половина XIX века для казаков Черноморского войска прошла в большом военном напряжении. Уже по указу 13 ноября 1802 года они должны были выставлять 10 конных и 10 пеших полков. Кордонная боевая служба тоже требовала большого напряжения. Смертность от болезней и военных потерь катастрофически уменьшала общее количество войскового населения. Естественный прирост его не давал нужных пополнений. Установилось обыкновение со стороны войскового правительства просить о пополнении в порядке переселения с украинских губерний. В период 1809–1811 годов в Черноморию было переселено из Полтавской и Черниговской губерний 41 534 человек, из коих мужчин 22 205. В 1821–1825 годах из тех же губерний еще 48 627 человек, из них 25 627 мужчин. Но в Турецкую войну 1828–1829 годов были мобилизованы даже престарелые казаки. В результате в куренных селениях остались только женщины и дети. В 1848–1849 годах на пополнение Черноморского войска было произведено новое переселение, недостаточное по моменту, всего 14 227 душ, из них мужчин – 7767, тоже с Украины, из губерний Харьковской. Черниговской и Полтавской.
Во время Крымской кампании от черноморцев в Севастопольской обороне принимали участие два пластунских батальона, покрывших себя славой в боях на 4-м бастионе, и еще сводный конный полк.
Таким образом, всегда в военном напряжении до предела, с большими потерями в людях, при отсутствии времени заняться благоустройством семейно-хозяйственной жизни, прошли для черноморцев годы конца XVIII и первой половины XIX веков.
В то время как черноморцы, начиная с 1793–1794 годов, стали «держать кордонную линию» по нижнему течению реки Кубани до устья реки Лабы, для охраны границы вверх по Кубани были предназначены распоряжением Екатерины II, согласно проекту Главного кавказского командования (графа Гудовича), шесть донских полков, которые, однако, не сразу выполнили распоряжение о переселении. Но уже в 1794 году от Донского войска на верховье Кубани было послано 1000 семейств, к ним были присоединены еще 125 семейств из бывшего Волжского казачьего войска. Бытописатель того времени генерал В. Гр. Толстой так рассказывает об этом зачине образования старой линии
