Церковь решила покончить с «шумящей суетой слов», и сам Бернар Клервосский написал формальное обвинение Абеляра в ереси, которое было «озвучено» на суде Сансского собора. Абеляр готов был отстаивать свою точку зрения, но собор отказал ему в «милости слова». Абеляр сдался: силы оставили его, и он отказался от дальнейшей борьбы, приняв предложение давно симпатизировавшего ему аббата Клюни Петра Достопочтенного укрыться на покой в его монастыре. Здесь Абеляр прожил последние годы, «предаваясь суровым подвигам аскетизма».
Абеляр так и не разлюбил Элоизу. В лесах Сен-Дени он воздвиг храм Духа-Утешителя, «Параклета», и посвятил его возлюбленной. Этот порыв вновь раздул скандал в церковных кругах, на жизнь Абеляра даже покушались.
Источник знаний о тех событиях — откровенная и горестная автобиография Абеляра «История моих бедствий», повествующая о философских порах, путешествиях, страданиях, но больше всего о любви к Элоизе и «проклятой постели». Хотя произведение и адресовано загадочному «другу», оно явно обращено к Элоизе, которая, прочитав, ответила ему. В ответ на холодные рациональные рассуждения Абеляра о святости и отречении от мирских утех Элоиза просит оставить женщинам «земные радости», которые он обещал лишь мужчинам. Женщины, по мнению Элоизы, не должны становиться мученицами или святыми, как любому живому существу, им нужна плотская любовь.
В историю вошла не только трагическая история Абеляра, но и его роль в создании Парижского университета. Именно он первым обратился к диалектике, подкрепленной логикой. Балансируя на грани ереси, Абеляр отказался от мистицизма в науке, привел философию из лона церкви в гражданское общество, где она прочно обоснуется на тысячу лет. Со смерти Абеляра прошло совсем немного времени — и разрозненные группы студентов и молодых ученых, собравшись вокруг холма Сен-Женевьев, образовали гильдию — первый университет Парижа.
Незадолго до смерти Абеляр писал: «Если зависть всю жизнь становилась на пути моих творений и мешала моим изысканиям, все же дух мой получил свободу. Последний час мой положит конец ненависти, и в моих сочинениях каждый найдет то, что нужно для познания… Всякое знание есть благо, даже знание зла. Творить зло — грех, но знать его — благо; иначе как может Бог быть свободным от зла?»
2 апреля 1142 года Абеляра не стало. Согласно завещанию, клюнийский аббат послал тело его Элоизе, написав в сопроводительной записке: «Он был твоим, тот, чье имя будут вечно называть с уважением, — Абеляр!»
