Чтобы избежать неприятностей, Абеляр, вернувшись в Париж, совершил ошибку: отослал Элоизу в монастырь Аржанталь на постриг. Фульбер решил, что коварный клирик пытается избавиться от Элоизы навсегда. Дядя задумал месть: «Они сговорились против меня с яростной решимостью, — писал Абеляр, — и однажды ночью, пока я спал в своей комнате, подкупили одного из моих слуг и осуществили свою жестокую постыдную месть». Группа мужчин под предводительством Фульбера прижимала Абеляра к полу, а другие быстро отрезали оба его яичка.
Исполнителей преступления (кроме Фуль-бера) быстро поймали и в наказание кастрировали. Абеляру это принесло скандальную славу — не таким образом мечтал прославиться талантливый философ. Еще до своего увечья он успел нажить себе немало врагов — и они получили прекрасный повод для глумления.
Сводя счеты с бывшим учеником, Росцелин опубликовал открытое письмо, в котором издевательски насмехался над увечьем Абеляра: «Определяющие мужчину органы отрезаны. Я собирался сказать про тебя много справедливых и очевидных истин, но, так как выступаю против неполноценного мужчины, не стану завершать и оставлю свой труд».
Научный конкурент Абеляра Фулько составил для несчастного перечень плюсов кастрации: теперь он мог, например, спокойно пройти сквозь толпу замужних дам или играть даже с обнаженными девушками.
В 1136 году Абеляр открыл школу на холме Святой Женевьевы в Париже. В написанных здесь теологических трактатах он старался смягчить остроту выдвигаемых тезисов, чтобы не ссориться с церковью, но добился противоположного результата: столпы церкви нашли в трудах Абеляра новые, еще худшие заблуждения.
Абеляр удалился в монастырь Сен-Дени, занял впоследствии пост аббата в обители Сен-Жильда в Бретани. Он снова обратился к изучению теологии и философии и, стремясь вернуть себе расположение высшего общества, сочинял смелые проповеди. В конце концов Суассонский собор осудил Абеляра за ересь: поводом стали не его воззрения, а тот факт, что он восстановил против себя влиятельного святого Бернара Клервосского.
Бернар жаловался Папе Римскому: «Наставники есть у нас, охочие до слушателей: ученики от истины слух отвращают, к басням обращают. Есть у нас во Франции монах без устава, без попечения прелат, без послушания аббат, Петр Абеляр, умствующий с мальчиками, рассуждающий с женщинами. Потаенную воду и сокровенный хлеб предлагает он ближним своим в книгах, и в проповедях своих являет он нечестивые новшества речей и мыслей. И приступает он не воедино, как Моисей ко облаку, в коем был Господь, но с великим толпищем и со учениками своими. По улицам и переулкам умствуют о вере католической, о рождестве от Девы, о святыне алтаря, о непостижимом таинстве Святой Троицы». Полемика Абеляра с высшими духовными лицами привела лишь к тому, что Папа лично одернул его, приказав ему замолчать.
