В том же году с появлением Российско-Американской компании Баранов стал ее главным представителем в Русской Америке, то есть губернатором и полновластным правителем колонии.
Договоренности Баранова с тлинкитами продержались недолго: в 1802 году они восстали, сожгли редут Архангела Михаила и изгнали русских с острова. Через два года с помощью алеутов, оружия приобретенного у американского торговца и орудий корабля компании «Нева» Баранову удалось принудить тлинкитов к миру. Взамен сожженного редута на высоком холме над гаванью возвели новый, символизировавший незыблемость русского господства. Вокруг редута возникло поселение, верфь с медеплавильней, церковь, дома служащих компании, примитивные портовые сооружения и казармы. В 1808 году поселение превратилось в небольшой город Новоархангельск (ныне Ситка) с населением в 1 тысячу человек, ставший столицей Русской Америки.
По мере развития колонии она столкнулась с проблемой снабжения. Оружие, боеприпасы, инструменты, даже железо, пеньку и канаты для верфи доставляли морем из Охотска, а то и из Санкт-Петербурга. Стоимость доставки была высока, а время в пути исчислялось долгими месяцами. Хуже всего, однако, было с продовольствием. Его требовалось все больше, и взять его было неоткуда. Именно в таких условиях Баранов установил деловые связи с американскими судовладельцами, предоставляя им квоты на добычу пушнины в обмен на поставку нужных компании товаров. При этом Баранов настаивал на том, чтобы американцы общались с туземными охотниками исключительно через русских служащих компании, и воздерживались от продажи туземцам спиртного. Также Баранов сумел наладить доверительные отношения с Гавайями, туземный король которых воспринимал его как равного себе властителя.
И наконец, в 1812 году после четырех лет изучения Калифорнии, Баранов принял решение о создании там русского поселения, задачей которого было бы производство продовольствия для нужд Русской Америки. Неподалеку от крошечного испанского поселения Сан-Франциско возник стандартный сибирский острог, на американский манер известный сегодня как Форт Росс.
В том году Баранову исполнилось 66 лет, по тем временам возраст более чем солидный. Его жена-алеутка умерла, он был болен, порядком испорчен безграничной властью, устал от ответственности, а еще больше от интриг флотских офицеров. Последние, выдвинувшись на ведущие роли в Главном правлении Российско-Американской компании в столице, стремились к полному контролю над самой колонией. Простолюдина Баранова они терпеть не могли и открыто подозревали в казнокрадстве. Многим в Главном правлении компании казалось естественным, что, единолично управляя прибыльным пушным промыслом, Баранов просто не мог не обогатиться сам.
