В 1927–1928 гг. И. С. Исаков – слушатель Курсов усовершенствования высшего начсостава при Военно-морской академии РККА имени К. Е. Ворошилова. По окончании которых он стал заместителем начальника штаба ЧФ по оперативной работе. В начале первой пятилетки из Москвы прибыла комиссия бывшего царского контр-адмирала, а ныне флагмана 1-го ранга Немитца и специалистов для определения боевых возможностей Азовского и Черного морей. Так получилось, что Исакова временно включили в штаб этой комиссии, которая обследовала берега двух морей. По возвращении в Севастополь Исаков занялся обобщением обследования; его письменный труд не без помощи ответственных работников в управлении наморси республики получил признание… Только против подобного признания резко возражал Немитц. Но мнение царского адмирала было расценено как контрреволюционное; и даже спустя более 20 лет Исаков, проявляя мстительность, не забудет это ставшему уже вице-адмиралом советского флота Немитцу.
После беседы с видным штабным руководителем и ученым Борисом Михайловичем Шапошниковым Исаков был направлен в Оперативное управление Главного штаба РККА, которым руководил известный теоретик штабной работы Владимир Кириакович Триандафилов (настоящая фамилия Триандафилло). Работая в морском секторе, Иван Степанович неоднократно был в командировках в составе комиссий, которые возглавлял командарм 1-го ранга Я. Гамарник.
С 1932 по 1933-й год Исаков работает старшим преподавателем кафедры стратегии и оперативного искусства ВМА, где подготовил курс лекций «Десантная операция», по которым успешно были… провалены операции по десантированию морских пехотинцев под Керчью, в Южной Озерейке и др., о которых речь будет вестись ниже… Курс был одобрен как учебник! Затем им был разработан курс лекций «Операции подводных лодок», превращенный совместно с А. П. Александровым (Анатолий Петрович Александров, физик-ядерщик, будущий президент Академии наук СССР, академик, лауреат Ленинской, Сталинских и Государственных премий, трижды Герой Социалистического Труда) и В. А. Белли (советский ученый ВМА) в первый том капитального труда. Благодаря этой «фундаментальной работе» подводники-черноморцы героически несли… многочисленные потери подводных лодок вместе с экипажами в борьбе с одной-единственной (!) подлодкой румынского флота в 1941–1944 годах. И об этом также пойдет речь.
«Ученый» Исаков разрабатывал труд «Операция японцев против Циндао
