По окончании классов в марте 1917 г. мичман Исаков получил назначение на эсминец «Изяслав», но удивительное дело – будущий адмирал начал службу не по военно-морской специальности, а стал ревизором (!), человеком, который ведает всеми видами довольствия на корабле. Что соответствует современной должности на эсминцах – помощник командира корабля по материально-техническому обеспечению. …так что, в общем-то понятно, по каким причинам инородцев в царской Империи на флот не пускали и близко…
Биографы этого человека утверждают: революция застала «Изяслав» в ремонте в Гельсингфорсе; все офицеры корабля якобы бежали, а команда так возлюбила Исакова, что избрала его старшим офицером! Конечно, по зову сердца он стал участником Гражданской войны, участвовал в разгроме генерала Юденича, после чего получил назначение служить командиром эсминца «Деятельный» на Каспийском море. А такое доверие нужно было доказать не столько своими знаниями и умениями перед матросами, сколько своей преданностью и верностью ЧК! Но служба на корабле и частые выходы в море даже для командира не простое дело, и вскоре красвоенмор Исаков добился перевода. Дальнейшая служба Исакова проходила на Черном море в Службе наблюдения и связи (СНиС); затем он стал старшим морским начальником Батумской базы.
Впервые на Исакова обратил внимание начальник оперативного отдела штаба морских сил Черного моря В. П. Боголепов, – и тоже из инородцев. Впрочем, в 30–40-е годы XX века на советских флотах именно они и руководили оперативными отделами… Боголепов предложил Исакову должность своего зама в штабе флота в Севастополе. И там начальник высоко оценил нового сотрудника и предложил назначить его начальником штаба эскадры. Но будущий адмирал бахвалился своим стремлением служить на настоящих кораблях; и его назначили на эсминец «Петровский», достраивающийся на верфях Николаева. После ввода его в строй Исаков привел корабль в Севастополь. Тогда же в письмах жене он писал: «Я – капитан, Олька!»
Вскоре его назначают председателем комиссии ЭПРОНа (экспедиция подводных работ особого назначения) по подъему эсминца «Калиакрия». Но Иван Степанович так старался, желая получить блестящие аттестации, чтобы попасть в число командиров, из которых формировали экипажи для похода советских кораблей в Италию (уж очень выгодное мероприятие – попасть за границу), но перед выходом он слег в госпиталь… После выздоровления его направили на должность помощника начальника штаба береговой обороны Черного моря. Вот ведь как стремился служить на кораблях, что попал служить на берег, да еще на штабную работу! А через полгода его перевели в штаб Морских сил Черного моря. Вначале Исаков был помощником, затем начальником Оперативного отдела штаба флота. После чего он больше не оставлял штабных кабинетов, считая их «главными каютами боевых кораблей»…
