Уже с первых дней войны характер служебно-боевой деятельности войск по охране тыла приобрел совершенно иное направление. Обстановка в прифронтовой полосе потребовала переключить все подразделения НКВД на контроль за передвижением людских масс по прифронтовым дорогам и вне дорог, по лесам и болотам.
Возникла необходимость создать вдоль всего фронта единую линию войскового заграждения. Сформировать своего рода границу между тылом и фронтом. В ротных районах, которые охранялись недавними пограничными заставами, начали выставляться контрольно-пропускные пункты (КПП) на основных путях передвижения людей и технических средств. Промежутки между нарядами контролировали патрульные группы и посты наблюдения. Лесные массивы, заросли кустарников, овраги, балки осматривались разведывательно — поисковыми группами (РПГ).
Наряды проверяли документы, удостоверяющие личность у всех без исключения граждан и военнослужащих, идущих или передвигающихся на любых транспортных средствах, как в сторону тыла, так и в направлении фронта.
Люди, не имевшие необходимых документов, или вызывавшие подозрения в дезертирстве, мародерстве, в совершении иных преступлений или в принадлежности к вражеской агентуре, задерживались и направлялись на фильтрационные пункты для дополнительной проверки и выявления личности.
В случаях, когда наряды пограничников обнаруживали вооруженную группу людей, имевших намерение обойти стороной КПП, заставы выставляли на пути их движения заслон или засаду, которые их задерживали, а в случаях сопротивления — уничтожали.
В начале 1942-го года Главное управление пограничных войск утвердило «Положение о пограничных войсках НКВД, охраняющих тыл действующей Красной Армии». С учетом накопленного опыта выполнения служебно-боевых задач, в этом документе были четко сформулированы новые основные положения несения службы по охране тыла. Они сводились к агентурно — разведывательной работе, активному поиску, проведению облав в населенных пунктах и систематической проверке мест возможного нахождения враждебных и преступных элементов.
Вот с такой организационной структурой, тактикой действий и правовой базой пограничные войска НКВД и приняли участие в Сталинградской битве.
Однако летом сорок второго в прифронтовой полосе южного крыла советско-германского фронта, вследствие быстрого отступления войск Южного и Юго-Западного фронтов, оперативная обстановка вновь внесла в нелегкую службу чекистов значительные изменения.
